PDB-6led: Structure of D-carbamoylase mutant from Nitratireductor indicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6led

タイトル

Structure of D-carbamoylase mutant from Nitratireductor indicus

要素

N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

キーワード

HYDROLASE / carbamoylase / hydantoinse process / D-amino acid / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Nitratireductor indicus C115 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Ni, Y. / Liu, Y.F. / Xu, G.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Engineering of D-Carbamoylase Reveals a Key Loop at Substrate Entrance Tunnel
著者: Liu, Y. / Xu, G. / Zhou, J. / Ni, J. / Zhang, L. / Hou, X. / Yin, D. / Rao, Y. / Zhao, Y.L. / Ni, Y.

履歴

登録	2019年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6led.cif.gz	312.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6led.ent.gz	211.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6led.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6led_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6led_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6led_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	6led_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6led ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6led	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lcgC 6le2C 6leiC 1fo6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lcg-d 2dyu-d 1erz-d 1l6y-d 2ggl-3 6emg-d 1uf7-d 2ggl-2 6mg6-2 6gx2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

B: N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.992, 93.992, 247.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase 分子量: 34609.125 Da / 分子数: 2 / 変異: R211G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitratireductor indicus C115 (バクテリア) 遺伝子: NA8A_19058 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K2NMS4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 4000, Sodium Phosphate, sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 27278 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 37.17
反射シェル	解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 18.1 % / R_merge(I) obs: 0.626 / Num. unique obs: 2647 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FO6

1fo6

解像度: 2.37→50 Å / SU ML: 0.2359 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.1419

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	1340	4.91 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1699	27275	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4809	0	24	297	5130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	5016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5096	6781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0454	721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	895
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.717	1878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.45	0.2544	136	0.1955	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.45-2.55	0.2355	129	0.1851	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.67	0.2552	145	0.1901	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.81	0.275	114	0.188	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.98	0.2384	133	0.1797	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.21	0.2378	136	0.1779	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.53	0.2246	119	0.1659	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.53-4.05	0.1665	140	0.1448	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-5.09	0.1806	156	0.1358	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-40.83	0.2214	132	0.1848	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.08641883318	1.05441063965	1.63289688875	4.06564065768	-0.333276572857	1.66082688965	0.0413895054456	-0.49968243638	0.160848648323	0.246783808614	0.037999443863	-0.156156349379	-0.00877415331904	0.368588095417	-0.00285366817562	0.19466440499	0.0577469135634	-0.0455769943977	0.192014552868	0.00303643764769	0.13154146226	26.6177063401	20.0872546533	-1.2090219676
2	2.45455618934	-0.232730643485	-0.362988257772	2.48944548752	-0.567562675137	2.98888695669	-0.0201937062701	-0.0524161045394	-0.28893758942	0.0457676958703	0.139538861504	-0.350618703221	0.181734057763	0.357136934255	-0.141170303103	0.170059282664	0.0402044311047	-0.0371384724209	0.21491969219	-0.0549084329825	0.291752479074	31.7013241911	12.5688365308	-5.14226903424
3	3.58967922237	-0.311338646743	-2.18679924508	2.0091112191	0.594249881827	7.41808869051	0.0673682859059	0.40762363617	-0.580165677695	-0.00422116314271	0.297337510483	-0.0923547824251	0.911185915653	0.243035443368	-0.151765225717	0.272903565194	0.0528290322665	-0.0801907206564	0.238199837471	-0.0695182887825	0.334549301273	24.3172940815	5.91424537951	-10.2745006851
4	1.44638858492	0.0464791533083	0.0975882233718	2.32211809201	0.318861499661	1.02961678145	0.0143950665865	0.185961412492	-0.0770449890554	-0.100898037688	0.0591977274733	-0.0648335704106	0.0150362269285	0.0285456399435	-0.0585944852273	0.146077743191	0.0107518154948	-0.00255280633947	0.163765812987	-0.0154798061415	0.15124342277	18.5240301961	20.5078700424	-11.8477802254
5	7.11892370517	1.27980149418	0.388851983257	4.37064292076	-0.272178064221	5.48981507865	0.214002140789	-1.44485226697	0.225439466568	0.526405197436	-0.000610283568917	0.624942034542	0.1213529905	-0.698116997121	-0.228952625603	0.354779125916	0.0390004372418	0.0823595726797	0.303982235132	-0.0536461290054	0.244115734361	8.83252526616	23.8799366689	4.7314019143
6	2.83404582583	-1.1404805219	-4.47324762111	5.90873915413	-1.03868921323	8.85806864757	0.0366775213373	-0.495810185762	-0.289941173968	0.218116067231	0.442337070271	0.828307405738	0.0185286495973	0.360237606753	-0.403487410683	0.23839194475	-0.0217870371809	0.00706137262687	0.414214785006	0.00570127987505	0.509064139931	-3.93067741625	17.8847176668	-16.7988015206
7	1.67513645003	-0.168908864771	-0.33766792618	2.2313329113	0.0307895618257	2.02125930811	0.172007129013	0.153665971491	0.118238758212	-0.149746873982	-0.0464233660679	0.421029216705	-0.0950248739983	-0.360522797247	-0.091006260518	0.184136983528	0.0942122262612	0.00583239111257	0.329408487649	0.0455757160208	0.262669906266	-15.2833380239	43.0805808941	-19.6352529241
8	2.67278434964	-0.338116171217	-0.594260823766	2.15956843889	-0.218297389447	2.2908733426	0.126343365857	0.281114592202	-0.247059486176	-0.0622859392187	-0.140838891437	0.393806682649	0.0622361625886	-0.405693474258	-0.0268732284192	0.160478722103	0.046943709573	-0.0224007453242	0.292797277768	-0.0052392649756	0.244842122356	-12.6113333576	32.1232583579	-19.9952836632
9	3.88109398284	-1.74579323731	-1.39211691345	2.36599196815	1.33143666461	1.03031054672	0.081769610744	0.12877018895	0.0517646449296	0.125059341702	-0.144676755151	0.0525434026467	0.055792996499	-0.266724470024	0.0307140660611	0.160045859452	0.0336840834522	0.0121623678821	0.181228248674	0.0368878153498	0.174483667204	-1.0905304194	37.8994482648	-12.6733172079
10	1.91474641303	-1.87548671365	0.0421576943564	5.35834589877	0.0156405721235	0.798152809299	0.222812665542	0.312986036746	-0.090130007362	-0.199512248432	-0.107778962105	-0.212362175192	0.0964278688043	0.0257240857496	-0.12910876814	0.153213017587	0.0138631974086	-0.0395081524841	0.212400893115	-0.0198404177544	0.200698228491	5.72781485783	28.7828865278	-21.1696380767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 87 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 115 through 266 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 267 through 284 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 285 through 307 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 74 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 75 through 208 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 209 through 251 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 252 through 307 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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