PDB-6lea: Structure of FliS chaperone in complex with flagellin and HP1076

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lea

タイトル

Structure of FliS chaperone in complex with flagellin and HP1076

要素

Flagellar secretion chaperone FliS
Flagellin
Uncharacterized protein HP_1076

キーワード

CHAPERONE / Flagellar / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / : / structural molecule activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori CPY1124 (ピロリ菌)

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Au, S.W. / Lam, W.W.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of FliS in complex with flagellin and HP1076
著者: Lam, W.W. / Sun, K. / Au, S.W.

履歴

登録	2019年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lea.cif.gz	234 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lea.ent.gz	188.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k1iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dm9-d 2j45-1 1ng1-d 2j46-1 2y7l-d 1ffh-d 3t7u-2 4nv5-1 4f1z-d 6nwo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flagellar secretion chaperone FliS

B: Flagellar secretion chaperone FliS

C: Uncharacterized protein HP_1076

D: Uncharacterized protein HP_1076

E: Flagellin

F: Flagellin

93.3 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Flagellar secretion chaperone FliS

C: Uncharacterized protein HP_1076

E: Flagellin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.6 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Flagellar secretion chaperone FliS

D: Uncharacterized protein HP_1076

F: Flagellin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.330, 103.330, 144.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
1	2	(chain C and resid 27 through 147)
2	2	(chain D and resid 27 through 147)
1	3	chain E
2	3	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	SER	SER	chain A	A	A	18 - 122	23 - 127
2	1	GLU	GLU	SER	SER	chain B	B	B	18 - 122	23 - 127
1	2	SER	SER	SER	SER	(chain C and resid 27 through 147)	C	C	27 - 147	33 - 153
2	2	SER	SER	SER	SER	(chain D and resid 27 through 147)	D	D	27 - 147	33 - 153
1	3	VAL	VAL	GLN	GLN	chain E	E	E	476 - 514	67 - 105
2	3	VAL	VAL	GLN	GLN	chain F	F	F	476 - 514	67 - 105

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Flagellar secretion chaperone FliS 分子量: 14969.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori CPY1124 (ピロリ菌) 遺伝子: fliS, HPCPY1124_0918 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I9NY49
#2: タンパク質	Uncharacterized protein HP_1076 分子量: 20134.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 遺伝子: HP_1076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25709
#3: タンパク質	Flagellin 分子量: 11533.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HPF63_0124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q2QRN0, UniProt: Q07911*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 3% (v/v) PEG 20000, 0.2M Potassium bromide, 0.2M Potassium thiocyanate, 0.2M Sodium acetate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40.62 Å / Num. obs: 16741 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / R_merge(I) obs: 0.452 / Num. unique obs: 2628

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17rc1_3605	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K1I

3k1i

解像度: 2.95→30.62 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	1611	10 %
R_work	0.1896	14502	-
obs	0.1954	16113	87.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.71 Å² / B_iso mean: 61.7515 Å² / B_iso min: 25.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.95→30.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4272	0	0	11	4283
B_iso mean	-	-	-	38.39	-
残基数	-	-	-	-	537

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	634	X-RAY DIFFRACTION	1.464	TORSIONAL
1	2	B	634	X-RAY DIFFRACTION	1.464	TORSIONAL
2	1	C	724	X-RAY DIFFRACTION	1.464	TORSIONAL
2	2	D	724	X-RAY DIFFRACTION	1.464	TORSIONAL
3	1	E	230	X-RAY DIFFRACTION	1.464	TORSIONAL
3	2	F	230	X-RAY DIFFRACTION	1.464	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.95-3.04	0.3235	137	0.2567	1265	1402	91
3.04-3.13	0.3478	136	0.2569	1267	1403	93
3.13-3.25	0.3111	139	0.246	1280	1419	94
3.25-3.38	0.3525	148	0.238	1295	1443	94
3.38-3.53	0.3224	102	0.2257	891	993	64
3.53-3.72	0.2783	89	0.2302	749	838	55
3.72-3.95	0.328	98	0.2058	867	965	64
3.95-4.25	0.2531	148	0.1664	1362	1510	98
4.25-4.68	0.1961	152	0.1505	1383	1535	100
4.68-5.35	0.199	153	0.1549	1360	1513	99
5.35-6.73	0.2126	151	0.2024	1385	1536	100
6.73-30.62	0.1914	158	0.1623	1398	1556	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9628	1.2708	2.4337	2.4563	1.0844	3.278	0.3515	0.7811	-0.4445	-0.5856	-0.1002	0.1174	-0.6291	-0.1044	-0.0014	0.3702	0.0303	-0.0023	0.4059	0.0796	0.3864	37.5	-30.0271	25.3576
2	1.592	1.3996	-1.8148	4.2803	1.9001	4.8587	0.5734	-0.4118	-1.4089	-0.0538	-0.2543	0.1644	0.1881	-0.1875	0.0016	0.3228	0.0197	-0.009	0.3023	0.0564	0.4149	37.1481	-33.4765	34.3621
3	0.3069	0.9017	-0.285	3.3286	-0.4919	3.8667	0.2699	-1.4982	0.1418	0.2548	0.0261	-0.2143	-0.1343	-0.2112	-0.0013	0.3461	0.0434	-0.0931	0.4905	-0.0716	0.3521	40.2874	-25.8922	40.1796
4	2.0591	0.4711	2.3587	3.599	1.1441	3.8578	0.5123	0.0382	1.2699	-0.429	0.1875	-0.1354	-0.7466	0.0874	0.0015	0.4544	-0.0319	0.0609	0.3621	0.0847	0.451	41.5961	-22.1765	28.7493
5	3.9137	1.6285	-0.3585	2.3467	0.2679	2.0034	-0.4042	-0.3343	-0.3411	1.4848	0.7861	0.1434	-0.3738	-0.3725	-0.0048	0.4031	0.0126	0.0056	0.4591	-0.031	0.3549	29.3703	-37.9521	16.5657
6	3.6928	2.8721	2.029	3.7191	0.2409	4.8975	-0.4632	0.1332	0.2713	0.1819	0.8019	-0.9631	-0.7512	0.1645	0.0198	0.3947	-0.0547	0.0814	0.4015	-0.0428	0.4067	32.4962	-31.5894	8.6865
7	0.5258	-0.6359	-0.7223	1.3963	0.0597	2.0011	0.6947	1.6461	-2.1917	-1.6929	0.139	-1.6635	0.4882	-0.2267	0.2107	0.7421	-0.2095	-0.003	0.6656	-0.3766	1.305	32.7475	-56.4452	3.5647
8	3.6393	1.6391	1.3216	4.084	0.2999	2.6472	-0.0236	0.3043	-0.3147	-0.2702	0.3329	0.4365	0.0961	-0.0641	0.0018	0.4437	-0.0112	0.0464	0.4817	-0.0831	0.3917	23.2815	-40.8782	7.8637
9	1.2535	0.9129	-0.3305	0.8423	0.1462	0.6568	0.1124	-0.8891	-0.3411	0.0895	0.0154	-0.0335	0.2009	-0.1673	-0.0003	0.4105	0.0059	-0.0247	0.5718	0.0184	0.4169	26.876	-33.8284	43.8041
10	3.5928	1.5146	1.9002	2.0436	0.0024	1.2522	0.2463	-0.0359	-0.937	0.0018	-0.1429	0.2325	0.0213	-0.4053	-0.0027	0.5331	-0.0456	-0.0093	0.7081	-0.0702	0.5538	3.6056	-34.3653	40.668
11	-0.0107	0.0663	0.0287	0.8217	0.4351	0.1798	0.6101	-0.927	-0.2871	-0.5534	-0.9859	-0.3184	0.5877	0.6066	0.0062	0.5886	-0.1417	-0.0413	0.9471	0.2854	0.7575	24.6619	-33.8647	55.5177
12	0.2382	-0.4578	0.2761	1.0496	-0.5948	0.2914	-0.4412	-1.9088	-0.7916	-0.0075	0.9316	0.9711	0.5671	-0.8532	0.0195	0.6454	-0.1227	-0.131	1.0554	0.076	0.5708	0.5233	-36.3553	48.9384
13	0.1988	-0.1825	0.6612	0.2189	-0.2778	3.138	-0.0697	-2.1856	1.082	0.088	-0.1675	0.3384	-0.3668	-0.5912	-0.0057	0.3791	-0.0139	0.0377	0.7315	-0.1812	0.6152	13.6468	-26.6541	50.8725
14	1.2327	1.2426	0.3526	3.3295	-0.8399	1.3313	-0.326	0.1061	0.0917	-0.1968	0.3486	0.1394	-0.3395	-0.1489	0.0088	0.7217	-0.141	0.0513	0.619	0.0025	0.3619	32.4273	-11.3211	0.8017
15	1.6033	2.0605	-0.1478	2.2638	-0.5159	3.9533	-0.2741	0.3243	-0.0049	-0.7487	0.4443	0.0283	-0.828	0.1036	-0.0032	0.9515	-0.2553	-0.0314	0.6601	-0.0313	0.4809	32.4959	-14.5704	-7.2921
16	0.2397	-0.2254	0.3709	0.2712	-0.2416	0.4654	-0.9866	-0.8031	1.5843	1.3861	-1.2772	-0.8734	-1.4106	-1.0513	-0.0149	0.7858	-0.054	0.1271	0.7805	-0.2431	1.0262	44.1065	-17.2038	41.8872
17	0.7678	0.0171	1.6647	0.3145	0.0178	4.0632	0.5963	0.4163	0.5888	-0.035	-0.8251	-0.3314	-0.8392	1.4388	-0.2573	0.7789	-0.2214	0.0498	0.2601	-0.1508	0.6948	49.1705	-16.9042	31.6491
18	1.4701	-2.7232	-3.4841	5.3609	6.4005	8.2127	0.3546	-1.1349	-0.9775	2.082	-0.6896	-0.7914	0.6431	2.2779	0.0694	0.2001	-0.5228	0.004	0.8259	-0.3753	1.02	57.6177	-22.9112	35.5133
19	0.1853	0.3439	-0.8469	1.4137	-2.7608	5.7497	0.2107	0.2741	-0.6509	1.2362	0.6271	-1.5461	-1.1513	1.7649	0.2457	0.0863	0.081	-0.1274	0.5618	-0.129	0.7505	53.1666	-34.1396	30.5113
20	0.1929	-0.0118	-0.2497	0.2576	-0.1564	0.2378	0.213	-0.1702	-0.4216	0.5239	-0.4407	-0.3145	0.866	-0.7185	0.0014	0.4015	0.0273	-0.0538	0.4893	0.0539	0.4721	40.1511	-42.223	25.7354
21	0.0217	-0.0459	-0.0197	0.1692	-0.1241	0.4284	-0.3009	0.3573	-0.8474	-0.5304	-0.4866	0.1867	-0.8782	-0.9169	-0.0013	0.7554	-0.2518	-0.122	0.8438	0.0468	0.5358	16.6587	-44.7445	-1.1527
22	1.5448	1.9537	-0.8378	2.7193	-1.779	2.5793	0.3616	-0.0528	0.6949	0.7414	0.2595	1.8885	-0.1611	-1.7956	0.1812	0.4422	-0.2138	0.0265	0.7868	0.0759	0.6223	14.9151	-43.7413	7.3017
23	1.3968	-0.9975	1.0828	1.7951	-2.0053	2.3105	0.2381	-0.3465	-1.6121	-0.3621	-0.0764	0.1266	2.0166	-0.3006	0.3356	0.4258	-0.2471	-0.0304	0.6444	0.051	0.6934	19.0172	-54.1901	8.9459
24	1.5038	1.1204	-3.1964	0.8682	-2.3997	6.8256	-0.1317	1.3097	-0.4596	-0.5647	0.1955	-1.0973	1.3869	-0.8631	0.075	0.5365	0.0943	-0.1203	0.3423	-0.2287	0.9623	33.3998	-53.5089	11.1858
25	1.752	1.5458	1.5019	2.3964	2.5732	2.9218	-1.3479	0.3126	0.4107	-0.9276	1.0378	-0.3322	-0.4959	1.7073	0.0932	0.3775	0.0806	0.1334	0.4696	-0.039	0.5945	41.5178	-40.601	15.9704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 43 )	A	18 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 74 )	A	44 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 75 through 97 )	A	75 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 122 )	A	98 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 18 through 43 )	B	18 - 43
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 44 through 66 )	B	44 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 67 through 75 )	B	67 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 76 through 122 )	B	76 - 122
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 22 through 60 )	C	22 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 61 through 102 )	C	61 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 103 through 109 )	C	103 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 110 through 120 )	C	110 - 120
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 121 through 147 )	C	121 - 147
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 27 through 85 )	D	27 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 86 through 149 )	D	86 - 149
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 476 through 483 )	E	476 - 483
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 484 through 491 )	E	484 - 491
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 492 through 496 )	E	492 - 496
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 497 through 505 )	E	497 - 505
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 506 through 514 )	E	506 - 514
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 476 through 481 )	F	476 - 481
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 482 through 486 )	F	482 - 486
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 487 through 496 )	F	487 - 496
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 497 through 505 )	F	497 - 505
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 506 through 514 )	F	506 - 514

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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