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- PDB-6ldx: Structure antibody E6 in complex with methylated peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ldx
タイトルStructure antibody E6 in complex with methylated peptide
要素
  • Fab Heavy chain
  • Fab light chain
  • GLY-M3L-GLY-GLY-THR-TYR-PRO
キーワードIMMUNE SYSTEM / methylation / antibody / phage display / biomolecular recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / MAP kinase kinase kinase activity / cellular response to mechanical stimulus / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / nucleoplasm / ATP binding ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / MAP kinase kinase kinase activity / cellular response to mechanical stimulus / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Tsumoto, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for antigen recognition by methylated lysine-specific antibodies.
著者: Ishii, M. / Nakakido, M. / Caaveiro, J.M.M. / Kuroda, D. / Okumura, C.J. / Maruyama, T. / Entzminger, K. / Tsumoto, K.
履歴
登録2019年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab Heavy chain
L: Fab light chain
B: GLY-M3L-GLY-GLY-THR-TYR-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7924
ポリマ－52,7563
非ポリマー351
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.329, 82.329, 120.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 25795.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 25361.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド GLY-M3L-GLY-GLY-THR-TYR-PRO


分子量: 1598.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2U5*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M potassium chloride 24% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→67.94 Å / Num. obs: 39032 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 5534 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.131 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LDV

6ldv


解像度: 1.8→67.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.958 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2173 1562 4 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1713 37400 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.3 Å2 / Biso mean: 21.935 Å2 / Biso min: 13.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→67.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3223 0 1 331 3555
Biso mean--31.57 27.87 -
残基数----435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.6594604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4831.5646869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4455444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4123.721129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.90715479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.676159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02653
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 109 -
Rwork0.207 2675 -
all-2784 -
obs--97.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.408-0.39970.0180.4496-0.12180.510.0418-0.1010.00690.0137-0.00170.005-0.0747-0.0068-0.04010.0701-0.00570.00690.00720.00590.02493.403916.351213.6609
21.881-0.33090.08040.5731-0.09130.24930.04670.0885-0.13860.0021-0.03270.0657-0.014-0.0072-0.0140.08080.0025-0.00310.0260.00390.02852.3027-1.16116.83
32.76070.7064-0.94113.9906-0.03717.8190.20540.1521-0.02360.0630.01970.1597-0.2365-0.0997-0.22510.05920.0292-0.03550.07580.03190.1312-23.156916.86355.0135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H-1 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3B8 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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