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- PDB-6ldb: Structure of Bifidobacterium dentium beta-glucuronidase complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ldb
タイトルStructure of Bifidobacterium dentium beta-glucuronidase complexed with uronic isofagomine
要素LacZ1 Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / inhibitor / glycosidase / isofagomine
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / signaling receptor binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SJ5 / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium dentium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Lin, H.-Y. / Hsieh, T.-J. / Lin, C.-H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)108-2113-M-001-001 台湾
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Entropy-driven binding of gut bacterial beta-glucuronidase inhibitors ameliorates irinotecan-induced toxicity.
著者: Lin, H.Y. / Chen, C.Y. / Lin, T.C. / Yeh, L.F. / Hsieh, W.C. / Gao, S. / Burnouf, P.A. / Chen, B.M. / Hsieh, T.J. / Dashnyam, P. / Kuo, Y.H. / Tu, Z. / Roffler, S.R. / Lin, C.H.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LacZ1 Beta-galactosidase
B: LacZ1 Beta-galactosidase
C: LacZ1 Beta-galactosidase
D: LacZ1 Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,9998
ポリマ－298,3554
非ポリマー6454
水48,4422689
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20040 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area74570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.690, 104.640, 160.504
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
LacZ1 Beta-galactosidase


分子量: 74588.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium dentium (strain ATCC 27534 / DSM 20436 / JCM 1195 / Bd1) (バクテリア)
株: ATCC 27534 / DSM 20436 / JCM 1195 / Bd1 / 遺伝子: lacZ1, BDP_2112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2Q7B1, beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-SJ5 / (3S,4R,5R)-4,5-dihydroxypiperidine-3-carboxylic acid / (3S)-4β,5α-ジヒドロキシピペリジン-3α-カルボン酸


分子量: 161.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 8% w/v PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 343510 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 1151120
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.65-1.713.30.353329530.8880.2210.4181.00390.4
1.71-1.783.20.266327130.9340.1660.315189.7
1.78-1.863.20.193325540.9590.1210.228189.2
1.86-1.963.20.138327800.9790.0870.1641.00589.8
1.96-2.083.20.095335750.9890.060.1120.98991.8
2.08-2.243.20.073349450.9930.0460.0861.00495.7
2.24-2.463.50.059357860.9950.0370.0691.00797.8
2.46-2.823.60.05359450.9960.030.0581.00698.1
2.82-3.553.50.038359960.9970.0240.0451.05898.1
3.55-303.40.025362630.9980.0160.031.01597.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3k46

3k46


解像度: 1.651→24.852 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 1939 -
Rwork0.1556 --
obs0.1558 334102 91.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.62 Å2 / Biso mean: 21.3139 Å2 / Biso min: 6.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.651→24.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19636 0 44 2689 22369
Biso mean--20 31.57 -
残基数----2480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01320232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28827532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0892896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0811780
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.651-1.6920.25461170.21182088681
1.692-1.73780.21461200.19522133182
1.7378-1.78890.21871290.18382171184
1.7889-1.84660.22731240.17822195185
1.8466-1.91260.18911330.17712231486
1.9126-1.98910.21411300.1712282588
1.9891-2.07960.19731400.1672362091
2.0796-2.18920.19241430.16342443194
2.1892-2.32630.21271450.15762518497
2.3263-2.50570.17141480.15812537598
2.5057-2.75760.2051510.16052551098
2.7576-3.1560.1851530.15842557598
3.156-3.97360.17081530.13612557998
3.9736-24.8520.14681530.13762587198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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