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- PDB-6lel: Structure of E. coli beta-glucuronidase complex with C6-hexyl uro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lel
タイトルStructure of E. coli beta-glucuronidase complex with C6-hexyl uronic isofagomine
要素Beta-D-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / inhibitor / glycosidase / isofagomine
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E8X / Beta-glucuronidase / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Lin, H.-Y. / Kuo, Y.-H. / Lin, C.-H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)108-2113-M-001-001 台湾
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Entropy-driven binding of gut bacterial beta-glucuronidase inhibitors ameliorates irinotecan-induced toxicity.
著者: Lin, H.Y. / Chen, C.Y. / Lin, T.C. / Yeh, L.F. / Hsieh, W.C. / Gao, S. / Burnouf, P.A. / Chen, B.M. / Hsieh, T.J. / Dashnyam, P. / Kuo, Y.H. / Tu, Z. / Roffler, S.R. / Lin, C.H.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-D-glucuronidase
B: Beta-D-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8104
ポリマ－137,3202
非ポリマー4912
水2,252125
1
A: Beta-D-glucuronidase
B: Beta-D-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-D-glucuronidase
B: Beta-D-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,6218
ポリマ－274,6404
非ポリマー9814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area81570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.781, 76.720, 124.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 195 or resid 197...
21(chain B and (resid 0 through 206 or resid 209 through 597))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLNGLN(chain A and (resid 0 through 195 or resid 197...AA0 - 1951 - 196
12CYSCYSVALVAL(chain A and (resid 0 through 195 or resid 197...AA197 - 206198 - 207
13ASNASNASNASN(chain A and (resid 0 through 195 or resid 197...AA209210
14HISHISHISHIS(chain A and (resid 0 through 195 or resid 197...AA01
15TRPTRPPHEPHE(chain A and (resid 0 through 195 or resid 197...AA242 - 365243 - 366
16LYSLYSPROPRO(chain A and (resid 0 through 195 or resid 197...AA370 - 597371 - 598
21HISHISVALVAL(chain B and (resid 0 through 206 or resid 209 through 597))BB0 - 2061 - 207
22ASNASNPROPRO(chain B and (resid 0 through 206 or resid 209 through 597))BB209 - 597210 - 598

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要素

#1: タンパク質 Beta-D-glucuronidase / Beta-glucuronidase / NLS-GFP-GUS


分子量: 68659.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, ...遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, BK292_18725, BOH76_23450, BON63_17270, BON69_09035, BON71_25965, BUE81_02440, BvCms2454_03287, BvCmsHHP019_03955, BvCmsKKP061_00687, BvCmsKSP011_01150, BvCmsKSP024_03693, BvCmsKSP026_03508, BvCmsKSP045_00685, BvCmsKSP067_00118, BvCmsNSP047_02620, BvCmsSINP012_02859, BvCmsSIP019_00145, BVL39_19890, BW690_15740, BZL31_05290, C4J69_24575, C5N07_00485, C7235_11830, C9200_15785, C9E25_02740, C9Z12_02165, CA593_19915, CI694_12700, COD46_02605, CV83915_04776, D2185_18760, D3821_14300, D3Y67_19800, D9D20_10680, D9I11_03210, D9K48_06425, DBQ99_12860, DNQ41_12380, DXT69_06115, DXT71_07500, E2119_03270, E5P28_03750, E5S47_08220, EAI46_18055, EAI52_05705, EC3234A_33c01180, EC3426_02616, EEP23_13620, EL75_2040, EL79_2080, EL80_2107, ELT20_01525, EPS71_15340, ERS085365_00730, ERS085416_00883, ERS139211_01060, ERS150873_00637, EXX24_04480, EXX78_14190, EYD11_10940, EYY78_00120, FAX15_15905, FV293_04650, NCTC11181_05093, NCTC13462_05935, NCTC8500_02703, NCTC9045_02849, NCTC9062_00385, NCTC9706_03872, PU06_11555, RG28_14030, RK56_009440, SAMEA3472044_02684, SAMEA3472047_01270, SAMEA3472080_01417, SAMEA3484427_00776, SAMEA3484429_00887, SAMEA3752553_00640, SAMEA3752559_02259, SAMEA3753097_02320, SK85_01835, WR15_14365
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: W8SYR0, UniProt: P05804*PLUS, beta-glucuronidase
#2: 化合物 ChemComp-E8X / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-2-hexyl-4,5-bis(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid


分子量: 245.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 and 21% PEG4K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→30 Å / Num. obs: 43895 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.864 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.592.80.63840240.7190.4120.7630.82590.3
2.59-2.6930.57341890.7290.3660.6820.81594.1
2.69-2.823.40.53442980.7710.3340.6320.84196.7
2.82-2.963.70.48844040.8630.2890.5690.85498.7
2.96-3.1540.39244760.9210.2240.4530.88499.9
3.15-3.3940.23344440.9620.1330.2690.90399.9
3.39-3.7340.12344710.9850.0710.1430.89899.9
3.73-4.273.90.07244860.9930.0420.0831.00599.7
4.27-5.383.80.04645100.9940.0270.0530.85699.8
5.38-303.70.03345930.9980.020.0390.71299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3k46

3k46


解像度: 2.498→29.495 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 1911 5.13 %
Rwork0.2379 --
obs0.2404 37251 82.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.43 Å2 / Biso mean: 58.3257 Å2 / Biso min: 1.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.498→29.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9521 0 34 125 9680
Biso mean--32.27 33.9 -
残基数----1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.63613329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7225713
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5282X-RAY DIFFRACTION11.723TORSIONAL
12B5282X-RAY DIFFRACTION11.723TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4984-2.56090.2762500.317296132
2.5609-2.63010.3609750.3195133044
2.6301-2.70740.3491990.3061180260
2.7074-2.79480.38521160.2897219473
2.7948-2.89460.32131350.2828252383
2.8946-3.01040.32791450.2785267789
3.0104-3.14720.31641480.2782280092
3.1472-3.31290.32291550.2562285394
3.3129-3.52020.28671610.246294497
3.5202-3.79150.29141640.2266302299
3.7915-4.17210.28011630.2124302099
4.1721-4.77360.24731640.2044302399
4.7736-6.00580.26711650.22293062100
6.0058-29.4950.24511710.2111312999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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