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- PDB-5z1b: Structure of Bifidobacterium dentium beta-glucuronidase complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z1b
タイトルStructure of Bifidobacterium dentium beta-glucuronidase complexed with coumarin-3-O-glucuronide
要素Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
キーワードHYDROLASE / beta-glucuronidase / GH2
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranuronic acid / 3-HYDROXY-2H-CHROMEN-2-ONE / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium dentium ATCC 27679 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dashnyam, P. / Lin, H.Y. / Lin, C.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dissection of the substrate preference and structure of gut microbial-glucuronidases identifies the major bacteria causing xenobiotic toxicity
著者: Dashnyam, P. / Mudududdla, R. / Hsieh, T.J. / Lin, T.C. / Lin, H.Y. / Chen, P.Y. / Hsu, C.Y. / Lin, C.H.
履歴
登録2017年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
B: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
C: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
D: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,95112
ポリマ－308,5264
非ポリマー1,4258
水41,6692313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21590 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area75090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.340, 104.165, 160.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid
41chain D and segid

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: _ / Label seq-ID: 24

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and segidAA
2chain B and segidBB
3chain C and segidCC
4chain D and segidDD

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要素

#1: タンパク質
Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein


分子量: 77131.430 Da / 分子数: 4 / 変異: E479A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium dentium ATCC 27679 (バクテリア)
遺伝子: uidA, HMPREF0168_2111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0QAF3, beta-glucuronidase
#2: 糖
ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SE2 / 3-HYDROXY-2H-CHROMEN-2-ONE / 3-ヒドロキシクマリン


分子量: 162.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Sodium cacodylate, pH 6.5, 18%(w/v) PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 527681 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.925 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.53.20.57515970.7450.360.6770.90897.8
1.5-1.563.50.428524460.8580.2610.5030.9399.3
1.56-1.633.60.311527040.9230.1870.3630.94699.5
1.63-1.723.60.219527360.9590.1310.2560.95999.7
1.72-1.833.70.148528680.9790.0890.1730.96199.7
1.83-1.973.70.092528610.9910.0550.1080.94799.8
1.97-2.173.70.052529680.9970.0310.060.86299.8
2.17-2.483.70.04529830.9970.0240.0471.00499.8
2.48-3.123.70.031530340.9970.0190.0371.18299.8
3.12-303.70.016534840.9990.010.0190.55399.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→29.164 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1602 2002 40 %
Rwork0.1301 --
obs0.1302 499890 94.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.71 Å2 / Biso mean: 21.5978 Å2 / Biso min: 6.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→29.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19696 0 96 2313 22105
Biso mean--26.9 31.72 -
残基数----2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01220325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39527663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0672908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5467239
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A11746X-RAY DIFFRACTION5.339TORSIONAL
12B11746X-RAY DIFFRACTION5.339TORSIONAL
13C11746X-RAY DIFFRACTION5.339TORSIONAL
14D11746X-RAY DIFFRACTION5.339TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4499-1.48620.2352860.1835216882177458
1.4862-1.52640.20581120.163279962810874
1.5264-1.57130.20441330.1513340103414390
1.5713-1.6220.20261460.1403372303737699
1.622-1.680.16971540.12913757337727100
1.68-1.74720.16991520.11933752237674100
1.7472-1.82670.15921470.11143764037787100
1.8267-1.9230.11831540.11333760737761100
1.923-2.04350.13421500.11343762737777100
2.0435-2.20120.14011490.11713767637825100
2.2012-2.42260.16321540.12953769937853100
2.4226-2.77290.18421560.14233779237948100
2.7729-3.49270.17161530.1407376713782499
3.4927-29.17010.1431560.12723815738313100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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