PDB-6lcg: Structure of D-carbamoylase mutant from Nitratireductor indicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lcg

タイトル

Structure of D-carbamoylase mutant from Nitratireductor indicus

要素

N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

キーワード

HYDROLASE / carbamoylase / hydantoinse process / D-amino acid / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Nitratireductor indicus C115 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Liu, Y.F. / Ni, Y. / Xu, G.C. / Dai, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Engineering of D-Carbamoylase Reveals a Key Loop at Substrate Entrance Tunnel
著者: Liu, Y. / Xu, G. / Zhou, J. / Ni, J. / Zhang, L. / Hou, X. / Yin, D. / Rao, Y. / Zhao, Y.L. / Ni, Y.

履歴

登録	2019年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6le2C 6ledC 6leiC 1fo6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6led-d 1erz-d 3apy-3 2ggl-2 2ggl-3 2dyu-d 1uf7-d 6p2l-d 6emg-d 1uf5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

B: N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.650, 95.650, 261.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase 分子量: 34651.160 Da / 分子数: 2 / 変異: D187N, A200N, R211G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitratireductor indicus C115 (バクテリア) 遺伝子: NA8A_19058 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K2NMS4
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 4000, Sodium Chlorium, Tris-HCl

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データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: Bruker AXIOM 200 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.82 Å / Num. obs: 20291 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21 % / R_merge(I) obs: 0.229 / Net I/σ(I): 1.51
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / R_merge(I) obs: 2.257 / Num. unique obs: 2616 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FO6

1fo6

解像度: 2.7→47.82 Å / SU ML: 0.4972 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.0727

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	1003	4.95 %
R_work	0.216	-	-
obs	0.2184	20275	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4800	0	14	35	4849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	4920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4262	6634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	876
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.0998	1824

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.84	0.4063	159	0.3463	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.84-3.02	0.3591	126	0.2988	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.02-3.25	0.333	154	0.2862	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.25-3.58	0.3228	144	0.2581	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.58-4.1	0.2796	128	0.2091	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.1-5.16	0.231	136	0.1729	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.16-47.82	0.2123	156	0.1911	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.31078410262	-5.29839235605	4.19409360276	4.88851165665	-4.92630488479	8.09452870913	-0.551941778984	0.355007150288	-0.645308581239	0.622892719268	0.425600999505	0.534744052096	-0.831867749719	-0.187586690404	-0.490222281919	0.569370616787	-0.189545709124	-0.0578087923533	0.663061605948	-0.0107700682062	0.693288947775	-31.0254708469	-19.606527896	-3.46280970729
2	3.17825295992	-0.70172062432	-0.342116405109	2.74805870992	1.11945697822	4.01702620913	0.042875540618	0.400555631612	-0.0102880638124	-0.38021756547	-0.136743986477	0.260606609409	-0.093645390522	-0.572257736958	0.12374648303	0.552885558817	-0.0161587440528	-0.0500939629552	0.480239895277	-0.000181424394581	0.535797038126	-26.5719343549	-11.7019784677	-10.9630981954
3	6.91516484831	-2.53500736249	-0.262071709219	4.0996122531	-0.49212685318	3.26647687274	-0.187190726328	0.247396875835	-0.666032619844	-0.251342409956	0.0507951459716	0.417862767761	0.872091552412	-0.416906531645	0.0935208366299	0.640469610893	-0.109423078421	0.0112662797521	0.332785289364	0.0260430448247	0.579597850919	-22.9371184491	-27.4172192012	-10.1415527608
4	4.07753273611	3.72235478622	-1.89135254638	6.3324526799	0.720507088572	7.5583273276	0.0305486419346	-1.19354180598	-0.346392581678	1.15269120147	0.164399602646	-0.249706876835	0.400819723818	0.470501144273	-0.237024404835	0.94830469409	0.091641016873	0.0296790125779	0.620227135186	0.0782600471671	0.595553143372	-15.6757310133	-25.1262614536	3.95118965015
5	6.20014737389	0.0781881983785	-0.918025256616	4.68476657042	3.85370556858	3.37763201773	-0.113692409331	0.0521653787079	0.233682884515	-0.031572259098	0.588520547422	-1.1632444341	0.131689775521	1.0987698901	-0.372270215129	0.586968758651	-0.100763074722	-0.0675479345027	0.544273521157	-0.11074289796	1.06089323464	1.98949388355	-18.2428168556	-12.9740646755
6	4.44540387356	1.34117136765	-3.01945651268	6.53993971741	0.232789148382	2.30164025628	-0.879260910859	0.0297531299995	-0.470278947951	-0.171649669463	0.748448805233	-0.710296125699	1.22044176644	0.308975058851	-0.0402419463989	0.933970241439	0.233821055108	0.125087996455	0.60779779564	-0.12795275734	0.552143566859	6.17907434335	-45.2433316668	-19.6629458812
7	6.27646811066	-1.46619534958	2.46083677647	5.07981656651	0.978674544478	6.17292618349	0.332252703223	-0.111490489824	-0.842617729491	-1.03989113683	-0.0743840880235	-0.289541756609	1.52572526613	0.2871274192	-0.318666534786	1.14649146196	0.143126401969	0.213741644842	0.514450805981	0.090495709635	0.879992963077	10.1613335122	-47.299161847	-21.3086610667
8	3.48994379695	0.368479963195	-0.259137458	1.74621074801	-0.443871971469	4.92209660278	0.0650510518122	0.0150578730431	-0.0571188407212	-0.28268778953	-0.0446466965516	-0.907457970794	0.299726462256	0.817077986306	-0.0082897511269	0.70247180932	0.130962069088	0.196115446911	0.627162568864	0.062251068669	1.02452505763	17.3037050617	-35.2757524125	-17.6417470686
9	4.24037975381	-0.821540959723	3.08200097916	6.1028130164	-3.00919973344	3.97159439095	-0.24066191921	-0.418642607427	0.551696344257	0.452948402891	-0.0938523563447	-0.874076710368	-0.239751053372	-0.000453631258163	0.323490259365	0.64510620819	0.122190489942	0.101362386938	0.596615635531	-0.137048183722	0.871489371341	11.159407524	-30.2319426285	-10.3014915908
10	3.0800235315	-2.27730522337	-1.64138251881	4.64234559486	3.21796806398	3.00914416871	0.0358428087874	0.0174673422329	0.086745885102	-0.183256698684	0.0926265422736	-0.921098328576	0.527354803857	-0.539554413684	-0.129487803978	0.695834382667	0.0755414616364	0.0467669428586	0.474620940593	0.0859306674629	0.77689669022	0.916989625125	-26.6746927528	-18.2874626954
11	6.53633003938	-1.39428560247	-0.418119986613	3.72600098238	2.08829896221	5.08448987309	0.285258553887	-0.277829889489	-0.0371857618675	0.0226335256349	0.142882730469	0.340145157625	0.671897965081	0.041051225931	-0.482987642496	0.691017304374	-0.071435068009	-0.0223570826682	0.410460148951	-0.0147626525001	0.59612851967	-3.9901628501	-34.9405772411	-12.5523215313
12	7.80459307411	-1.80596793513	1.71248973179	5.04807918218	-0.864286690132	5.52406449489	-0.0629052412695	-0.0613757348607	-0.571137481612	0.412650932889	0.0733685878541	-0.364671678453	1.3069346178	0.102286576331	-0.0366141717724	0.910218096716	0.0838360621081	0.0401182139859	0.410208046797	-0.00868735598221	0.49193651812	-1.43478947035	-42.4104651335	-14.4525832672
13	6.38923157347	-3.82766206283	3.73555274794	2.09493171456	-6.35594102377	4.41321718082	-0.126323602701	0.250661049537	-0.614356984983	-0.277050890768	0.6421829941	0.434125364174	0.648265330685	-0.822448175014	-0.388513361356	1.01940103005	-0.00957698542183	0.0453868628822	0.67798708006	0.0160733263784	0.638531340928	-8.00312157004	-36.4842897278	-28.8056922961
14	7.38985661183	-5.13585174561	1.22633215015	8.2093632461	-0.550525497383	2.08464329469	0.644439918517	0.325581594645	-0.395799523695	-0.505987915042	0.316469355082	0.0869481533699	-0.170657939181	-0.332958596084	-0.916601154863	0.666551624172	-0.0585445326671	-0.014967508421	0.553263814728	0.129150394944	0.814252901358	-7.74987247869	-13.5008789451	-17.8952164569

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 207 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 208 through 266 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 267 through 282 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 283 through 307 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 20 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 21 through 53 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 54 through 135 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 136 through 163 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 164 through 186 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 187 through 226 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 227 through 266 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 267 through 282 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 283 through 307 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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