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- PDB-6lcd: Crystal structure of AaTPS with PPi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lcd
タイトルCrystal structure of AaTPS with PPi
要素AaTPS
キーワードLYASE / terpene cyclase / terpene synthase
機能・相同性FARNESYL DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Alternaria alternata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者He, H. / Mori, T. / Abe, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of AaTPS
著者: He, H. / Mori, T. / Abe, I.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AaTPS
B: AaTPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3388
ポリマ－96,4772
非ポリマー8626
水1,33374
1
A: AaTPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6945
ポリマ－48,2381
非ポリマー4554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
2
B: AaTPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6453
ポリマ－48,2381
非ポリマー4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.492, 113.688, 149.915
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AaTPS


分子量: 48238.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alternaria alternata (菌類) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: ammonium formate, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.747 Å / Num. obs: 33446 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 59.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4408 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LCC

6lcc


解像度: 2.7→45.747 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2826 1683 5.04 %
Rwork0.2303 --
obs0.2329 33390 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.49 Å2 / Biso mean: 61.1358 Å2 / Biso min: 24.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→45.747 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5899 0 22 74 5995
Biso mean--84.57 52.83 -
残基数----745
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.780.35561310.30432617274899
2.78-2.870.34051330.29622607274099
2.87-2.970.3541350.28862637277299
2.97-3.090.36781320.28652637276999
3.09-3.230.36651440.28152613275799
3.23-3.40.32111360.25652638277499
3.4-3.610.30321320.25052638277099
3.61-3.890.30011450.23772601274698
3.89-4.290.27111450.21192638278398
4.29-4.90.271380.19462643278198
4.91-6.180.27091480.21992681282999
6.18-45.750.2071640.19182757292197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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