PDB-6lbs: Crystal structure of yeast Stn1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lbs

タイトル

Crystal structure of yeast Stn1

要素

KLLA0C11825p

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Telomere / CST complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CST complex / telomere capping
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Ge, Y. / Wu, Z. / Wu, J. / Lei, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into telomere protection and homeostasis regulation by yeast CST complex.
著者: Ge, Y. / Wu, Z. / Chen, H. / Zhong, Q. / Shi, S. / Li, G. / Wu, J. / Lei, M.

履歴

登録	2019年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lbs.cif.gz	380.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lbs.ent.gz	315.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lbs_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lbs_full_validation.pdf.gz	488.5 KB	表示
XML形式データ	6lbs_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	6lbs_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lbrC 6lbtC 6lbuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xon-1 4upu-d 3b4m-2 4r30-2 5ezd-2 1yr5-d 3eu3-d 5b78-d 2h1c-d 1amx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: KLLA0C11825p

B: KLLA0C11825p

C: KLLA0C11825p

D: KLLA0C11825p

E: KLLA0C11825p

F: KLLA0C11825p

118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: KLLA0C11825p

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: KLLA0C11825p

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: KLLA0C11825p

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: KLLA0C11825p

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: KLLA0C11825p

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: KLLA0C11825p

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	158.425, 94.749, 97.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.260, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	KLLA0C11825p / Stn1 分子量: 19627.316 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CTL1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M citric acid, 0.8 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 84248 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	6.8	0.722	4446	0.808	0.3	0.783	0.927	100
2.69-2.8	6.4	0.515	4475	0.884	0.222	0.562	0.911	100
2.8-2.93	6.8	0.396	4412	0.925	0.163	0.429	0.938	100
2.93-3.08	7.1	0.264	4463	0.962	0.107	0.286	0.903	99.9
3.08-3.28	7	0.164	4466	0.985	0.067	0.177	0.93	100
3.28-3.53	6.8	0.098	4464	0.991	0.04	0.106	0.89	99.9
3.53-3.88	6.6	0.062	4474	0.995	0.026	0.068	0.82	100
3.88-4.45	7.2	0.046	4455	0.997	0.018	0.049	0.806	99.8
4.45-5.6	6.6	0.036	4489	0.997	0.015	0.039	0.663	99.9
5.6-50	6.9	0.031	4572	0.997	0.013	0.033	0.616	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→37.946 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 24.73
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	4111	4.88 %
R_work	0.1832	-	-
obs	0.1857	84248	97.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.74 Å² / B_iso mean: 46.0584 Å² / B_iso min: 15.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→37.946 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7337	0	0	126	7463
B_iso mean	-	-	-	39.93	-
残基数	-	-	-	-	884

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6-2.6306	0.3503	134	0.2559	2111	74
2.6306-2.6627	0.3789	143	0.2458	2262	81
2.6627-2.6964	0.2619	142	0.2395	2374	85
2.6964-2.7318	0.2772	123	0.2211	2636	93
2.7318-2.7692	0.3325	148	0.2336	2660	94
2.7692-2.8088	0.2666	140	0.2302	2801	98
2.8088-2.8507	0.285	138	0.239	2855	99
2.8507-2.8952	0.2591	122	0.2377	2838	100
2.8952-2.9427	0.3224	158	0.2398	2812	100
2.9427-2.9934	0.3224	169	0.2462	2816	100
2.9934-3.0478	0.3165	134	0.2327	2916	100
3.0478-3.1064	0.3196	125	0.2227	2779	100
3.1064-3.1698	0.2524	150	0.2161	2855	100
3.1698-3.2387	0.2696	115	0.2138	2893	100
3.2387-3.314	0.2787	108	0.2144	2870	100
3.314-3.3968	0.2573	135	0.203	2864	100
3.3968-3.4886	0.2768	157	0.1884	2812	100
3.4886-3.5912	0.2265	153	0.1707	2818	100
3.5912-3.707	0.2071	133	0.1722	2865	100
3.707-3.8393	0.2189	135	0.1646	2857	100
3.8393-3.9929	0.2236	172	0.1615	2824	100
3.9929-4.1744	0.1753	151	0.142	2815	100
4.1744-4.3942	0.1651	145	0.135	2878	100
4.3942-4.669	0.1792	139	0.1316	2819	100
4.669-5.0288	0.1707	130	0.1366	2841	100
5.0288-5.5335	0.2022	154	0.1502	2822	100
5.5335-6.331	0.2349	169	0.194	2835	100
6.331-7.9642	0.2645	165	0.2083	2816	100
7.9642-37.94	0.1761	124	0.1581	2793	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3214	1.1566	-0.3839	1.4587	-0.4827	1.278	0.3028	0.0739	-0.1396	0.1063	-0.2765	-0.1968	0.1792	0.2866	-0.0002	0.2848	0.0851	-0.0602	0.3317	-0.0568	0.1974	-101.526	56.072	42.644
2	1.271	0.4229	-0.1328	2.229	-0.9528	1.0191	-0.0996	-0.1232	-0.1124	0.0136	-0.005	-0.3108	-0.0174	-0.0008	-0.0001	0.3105	0.0624	-0.0102	0.1968	0.0086	0.3173	-119.373	16.347	40.746
3	1.7148	1.2776	0.1362	2.0897	-1.1157	1.3547	-0.0586	-0.1999	0.0625	0.1827	0.1366	0.11	-0.3385	0.2277	0.0031	0.2738	0.0675	0.071	0.3514	-0.042	0.2434	-99.787	-12.329	25.34
4	2.1265	0.3801	0.6227	0.6733	-0.5707	0.7717	-0.0545	-0.0536	0.1121	0.0112	0.0643	0.058	0.0054	0.0207	-0	0.2608	0.0187	0.0103	0.2119	-0.0853	0.1757	-55.371	-11.901	21.539
5	0.2371	0.3711	-0.3763	2.3503	0.4348	1.7036	-0.0526	0.1389	0.0187	0.0528	-0.1009	0.0303	0.0652	-0.3878	-0.0019	0.2061	-0.0334	0.0182	0.2636	-0.0408	0.2526	-39.529	18.022	8.868
6	2.1874	-1.2733	0.0753	1.6136	0.1718	0.9174	-0.0318	-0.0989	-0.1255	-0.0401	0.0002	0.0055	0.0745	-0.092	-0.0001	0.1506	-0.0102	0.0007	0.2061	-0.0312	0.2259	-63.757	55.123	7.985
7	-0.17	-0.1728	-0.0433	0.1474	-0.1336	-0.2748	-0.0956	0.1026	0.1327	-0.0411	0.077	-0.0283	-0.0367	0.0578	-0.0024	0.3433	0.049	-0.015	0.1507	-0.1408	0.1281	-68.821	24.278	20.562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 274:432 )	A	274 - 432
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 274:433 )	B	274 - 433
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 274:430 )	C	274 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 273:433 )	D	273 - 433
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 275:433 )	E	275 - 433
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND RESID 274:433 )	F	274 - 433
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:510 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN E AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:529 ) OR ( CHAIN F AND RESID 501:536 )	A	501 - 513
8	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:510 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN E AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:529 ) OR ( CHAIN F AND RESID 501:536 )	C	501 - 510
9	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:510 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN E AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:529 ) OR ( CHAIN F AND RESID 501:536 )	B	501 - 513
10	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:510 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN E AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:529 ) OR ( CHAIN F AND RESID 501:536 )	E	501 - 525
11	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:510 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN E AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:529 ) OR ( CHAIN F AND RESID 501:536 )	D	501 - 529
12	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN C AND RESID 501:510 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:513 ) OR ( CHAIN E AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN D AND RESID 501:529 ) OR ( CHAIN F AND RESID 501:536 )	F	501 - 536

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)