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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lbt | ||||||
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Title | Crystal structure of yeast Cdc13 and Stn1 | ||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Telomere / CST complex | ||||||
Function / homology | ![]() CST complex / telomere capping / telomere maintenance / chromosome, telomeric region / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ge, Y. / Wu, Z. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into telomere protection and homeostasis regulation by yeast CST complex. Authors: Ge, Y. / Wu, Z. / Chen, H. / Zhong, Q. / Shi, S. / Li, G. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 303.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 476.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6lbrSC ![]() 6lbsSC ![]() 6lbuC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36577.703 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 19392.840 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: evaporation / pH: 7 / Details: 0.225 M ammonium citrate tribasic, 12% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 7, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 33308 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.742 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 428976 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6LBR, 6LBS Resolution: 2.6→36.207 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.03 Å2 / Biso mean: 62.5444 Å2 / Biso min: 29.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→36.207 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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