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- PDB-6lbp: Structure of the Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate Amidotrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lbp
タイトルStructure of the Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate Amidotransferase from Arabidopsis thaliana
要素Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE / Amidotransferase / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid stroma / amidophosphoribosyltransferase / amidophosphoribosyltransferase activity / chloroplast organization / purine nucleobase biosynthetic process / nucleoside metabolic process / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / chloroplast stroma / glutamine metabolic process ...plastid stroma / amidophosphoribosyltransferase / amidophosphoribosyltransferase activity / chloroplast organization / purine nucleobase biosynthetic process / nucleoside metabolic process / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / chloroplast stroma / glutamine metabolic process / iron-sulfur cluster binding / chloroplast / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Amidophosphoribosyltransferase / Amidophosphoribosyltransferase, N-terminal / Glutamine amidotransferase domain / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain ...Amidophosphoribosyltransferase / Amidophosphoribosyltransferase, N-terminal / Glutamine amidotransferase domain / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.065 Å
データ登録者Yi, Z. / Cao, X. / Han, F. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31670766 中国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of the Chloroplastic Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate Amidotransferase GPRAT2 FromArabidopsis thaliana.
著者: Cao, X. / Du, B. / Han, F. / Zhou, Y. / Ren, J. / Wang, W. / Chen, Z. / Zhang, Y.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
B: Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3884
ポリマ－106,6852
非ポリマー7032
水00
1
A: Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
B: Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
B: Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,7778
ポリマ－213,3704
非ポリマー1,4074
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area15940 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area61130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.736, 179.736, 109.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: SF4 / End label comp-ID: SF4 / Auth seq-ID: 87 - 600 / Label seq-ID: 13

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA - C
2chain BBB - D

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要素

#1: タンパク質 Amidophosphoribosyltransferase 2, chloroplastic / PRPP2 / Glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase 2 / AtGPRAT2 / Protein CHLOROPLAST ...PRPP2 / Glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase 2 / AtGPRAT2 / Protein CHLOROPLAST IMPORT APPARATUS 1 / Protein DIFFERENTIAL DEVELOPMENT OF VASCULAR ASSOCIATED CELLS


分子量: 53342.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ASE2, CIA1, DOV1, GPRAT2, PURF2, At4g34740, T4L20.320
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9STG9, amidophosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic pH 5.6, 1.0 M Ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.065→36.656 Å / Num. obs: 38107 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 18.25
反射 シェル解像度: 3.065→3.175 Å / Rmerge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique obs: 3526

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GPH

1gph


解像度: 3.065→36.656 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.57 / 位相誤差: 22.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 3685 5.02 %
Rwork0.1894 --
obs0.1911 38090 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131 Å2 / Biso mean: 59.2485 Å2 / Biso min: 29.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.065→36.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7058 0 16 0 7074
Biso mean--78.44 --
残基数----920
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4345X-RAY DIFFRACTION3.95TORSIONAL
12B4345X-RAY DIFFRACTION3.95TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.065-3.10540.29911160.283227383
3.1054-3.14790.35951250.2829268499
3.1479-3.19280.30371340.2551270599
3.1928-3.24040.25671520.23642680100
3.2404-3.29110.26611310.22472704100
3.2911-3.3450.31631040.20382718100
3.345-3.40260.20841450.20942746100
3.4026-3.46440.23131400.20282679100
3.4644-3.5310.24831650.20292689100
3.531-3.6030.23221150.20152696100
3.603-3.68130.26591640.2222692100
3.6813-3.76690.22871280.20522755100
3.7669-3.8610.27341470.19162650100
3.861-3.96520.24011460.18152766100
3.9652-4.08180.18141400.17442672100
4.0818-4.21330.16691600.16172706100
4.2133-4.36370.19671630.16422690100
4.3637-4.53810.15861220.14042683100
4.5381-4.74420.15251380.13862729100
4.7442-4.99380.17231670.14562689100
4.9938-5.30580.16381740.1552655100
5.3058-5.7140.2151440.18742706100
5.714-6.28650.24651510.1982685100
6.2865-7.19020.24111310.22746100
7.1902-9.03640.24031310.1952711100
9.0364-36.6560.26961520.2096263998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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