PDB-6lay: Domain-swapped dimer structure of a Single-chain Monellin loop1-d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lay

タイトル

Domain-swapped dimer structure of a Single-chain Monellin loop1-delta4-QVVAG mutant

要素

Monellin chain B,Monellin chain A

キーワード

PLANT PROTEIN / Monomer / L1 mutant

機能・相同性

Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Cystatin superfamily / Monellin chain A / Monellin chain B

機能・相同性情報

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

Manjula, R. / Subramanian, R. / Gosavi, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Domain-swapped dimer structure of a Single-chain Monellin loop1-delta4-QVVAG mutant
著者: Manjula, R. / Subramanian, R. / Gosavi, S.

履歴

登録	2019年11月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lay.cif.gz	49.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lay.ent.gz	34.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lay.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lay_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lay_full_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示
XML形式データ	6lay_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	6lay_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6lay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6lay	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o9uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lxe-1 6sdb-5 2z99-d 2a38-1 1lxe-d 6fwx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Monellin chain B,Monellin chain A

B: Monellin chain B,Monellin chain A

21.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.170, 73.790, 45.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I 分子量: 10840.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The fusion protein of Monellin chain B, LINKER and Monellin chain A 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2mM sodium acetate ,Tris HCl pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5478 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5478 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→45.29 Å / Num. obs: 4033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 21231 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3-3.18	5.3	0.253	3383	641	0.943	0.122	0.282	5.9	100
9-45.29	4.9	0.046	799	163	0.998	0.023	0.051	21.4	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2O9U

2o9u

解像度: 3.001→45.289 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2627	192	4.78 %	RANDOM
R_work	0.2074	3828	-	-
obs	0.2099	4020	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.47 Å² / B_iso mean: 32.272 Å² / B_iso min: 21.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.001→45.289 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1514	0	0	0	1514
残基数	-	-	-	-	184

LS精密化シェル

解像度: 3.001→3.18 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2627	192	-
R_work	0.2074	3828	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)