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万見
- PDB-6lay: Domain-swapped dimer structure of a Single-chain Monellin loop1-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lay
タイトルDomain-swapped dimer structure of a Single-chain Monellin loop1-delta4-QVVAG mutant
要素Monellin chain B,Monellin chain A
キーワードPLANT PROTEIN / Monomer / L1 mutant
機能・相同性Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Cystatin superfamily / Monellin chain A / Monellin chain B
機能・相同性情報
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Manjula, R. / Subramanian, R. / Gosavi, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Domain-swapped dimer structure of a Single-chain Monellin loop1-delta4-QVVAG mutant
著者: Manjula, R. / Subramanian, R. / Gosavi, S.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monellin chain B,Monellin chain A
B: Monellin chain B,Monellin chain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6812
ポリマ－21,6812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.170, 73.790, 45.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I


分子量: 10840.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Monellin chain B, LINKER and Monellin chain A
由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2mM sodium acetate ,Tris HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5478 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5478 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45.29 Å / Num. obs: 4033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 21231 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.185.30.25333836410.9430.1220.2825.9100
9-45.294.90.0467991630.9980.0230.05121.499.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O9U

2o9u


解像度: 3.001→45.289 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2627 192 4.78 %RANDOM
Rwork0.2074 3828 --
obs0.2099 4020 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 46.47 Å2 / Biso mean: 32.272 Å2 / Biso min: 21.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.001→45.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 0 0 1514
残基数----184
LS精密化 シェル解像度: 3.001→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 192 -
Rwork0.2074 3828 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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