[日本語] English
万見
- PDB-6l88: Crystal structure of mineralocorticoid receptor ligand binding do... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l88
タイトルCrystal structure of mineralocorticoid receptor ligand binding domain in complex with esaxerenone
要素Mineralocorticoid receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Hypertension / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. ...: / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E6R / Mineralocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Takahashi, M. / Hanzawa, H.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the mineralocorticoid receptor ligand-binding domain in complex with a potent and selective nonsteroidal blocker, esaxerenone (CS-3150).
著者: Takahashi, M. / Ubukata, O. / Homma, T. / Asoh, Y. / Honzumi, M. / Hayashi, N. / Saito, K. / Tsuruoka, H. / Aoki, K. / Hanzawa, H.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mineralocorticoid receptor
B: Mineralocorticoid receptor
C: Mineralocorticoid receptor
D: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5058
ポリマ－116,6394
非ポリマー1,8664
水00
1
A: Mineralocorticoid receptor
D: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2524
ポリマ－58,3192
非ポリマー9332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mineralocorticoid receptor
C: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2524
ポリマ－58,3192
非ポリマー9332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.888, 160.888, 160.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 983
2111B1 - 983
3111C1 - 983
4111D1 - 983

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.056718, 0.99839, 0.001081), (-0.039075, -0.003301, 0.999231), (0.997625, 0.056633, 0.0392)83.224358, 5.08728, -79.842621
3given(0.014944, 0.998745, 0.047794), (0.040083, 0.047162, -0.998083), (-0.999085, 0.016831, -0.039328)77.713432, -3.20728, 78.626678
4given(0.998036, 0.032591, 0.053494), (0.033054, -0.999423, -0.007786), (0.053209, 0.009539, -0.998538)0.27164, -0.89865, -5.78426

-
要素

#1: タンパク質
Mineralocorticoid receptor / MR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 2


分子量: 29159.680 Da / 分子数: 4 / 変異: C808S,C910S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08235
#2: 化合物
ChemComp-E6R / 1-(2-hydroxyethyl)-4-methyl-N-(4-methylsulfonylphenyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]pyrrole-3-carboxamide / esaxerenone / エサキセレノン


分子量: 466.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21F3N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.0-2.5 M sodium nitrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.96 Å / Num. obs: 27958 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.303 % / Biso Wilson estimate: 93.301 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.397 / Rrim(I) all: 0.417 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 5.42 / Num. measured all: 552224
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.199.2586.610.3479609862185990.1017.00199.7
3.19-3.49.6544.5460.5378790816981610.2564.80199.9
3.4-3.6810.8342.531181882757175580.522.65799.8
3.68-4.0210.9381.3121.9576191697269660.7371.37799.9
4.02-4.510.9010.6224.2168961633963260.9170.65299.8
4.5-5.1810.4950.396.8158353556455600.9620.4199.9
5.18-6.339.6780.3646.945488470247000.9590.385100
6.33-8.8810.9220.11618.0439974366036600.9980.121100
8.88-19.9611.1160.03648.06229762096206710.03898.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5mwp

5mwp


解像度: 3→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 37.834 / SU ML: 0.612 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.696 / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 1441 5.2 %RANDOM
Rwork0.2685 ---
obs0.2705 26335 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 318.22 Å2 / Biso mean: 116.551 Å2 / Biso min: 52.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6084 0 128 0 6212
Biso mean--136.55 --
残基数----755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.6378568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1731.57313914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5385737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62122.951288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.48151169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3111528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021289
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2921 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A17.67
2B17.37
3C16.85
4D14.95
LS精密化 シェル解像度: 3.004→3.163 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 229 -
Rwork0.397 3671 -
all-3900 -
obs--98.88 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る