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万見
- PDB-2pg1: Structural analysis of a cytoplasmic dynein Light Chain-Intermedi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pg1
タイトルStructural analysis of a cytoplasmic dynein Light Chain-Intermediate Chain complex
要素
  • Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Dynein light chain Tctex-type
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Dynein intermediate chain / dynein light chain (ダイニン) / LC8 / PIN (待ち針) / TcTex1
機能・相同性
機能・相同性情報


Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / spermatid nucleus elongation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes ...Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / spermatid nucleus elongation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / chaeta morphogenesis / positive regulation of neuron remodeling / Separation of Sister Chromatids / オートファジー / Aggrephagy / COPI-mediated anterograde transport / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / transport along microtubule / : / chaeta development / sperm individualization / dynein light chain binding / microtubule anchoring at centrosome / imaginal disc-derived wing morphogenesis / dynein heavy chain binding / MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / dynein complex / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport / dynein light intermediate chain binding / dynein intermediate chain binding / oogenesis / microtubule-based movement / spermatid development / establishment of mitotic spindle orientation / actin filament bundle assembly / cytoskeletal motor activity / axon cytoplasm / 中心小体 / cellular response to nerve growth factor stimulus / determination of adult lifespan / brain development / オートファジー / disordered domain specific binding / negative regulation of neuron projection development / mitotic cell cycle / 精子形成 / vesicle / 微小管 / 中心体 / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tctex-1 / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. ...Tctex-1 / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / : / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 1, cytoplasmic / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein light chain Tctex-type
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Williams, J.C. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of a cytoplasmic dynein light chain-intermediate chain complex
著者: Williams, J.C. / Roulhac, P.L. / Roy, A.G. / Vallee, R.B. / Fitzgerald, M.C. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2007年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Dynein light chain 1, cytoplasmic
C: Dynein light chain 1, cytoplasmic
D: Dynein light chain 1, cytoplasmic
E: Dynein light chain Tctex-type
F: Dynein light chain Tctex-type
G: Dynein light chain Tctex-type
H: Dynein light chain Tctex-type
I: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
J: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
K: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
L: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,25717
ポリマ－107,77712
非ポリマー4805
水43224
1
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: Dynein light chain Tctex-type
G: Dynein light chain Tctex-type
I: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
L: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9847
ポリマ－53,8886
非ポリマー961
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12760 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
C: Dynein light chain 1, cytoplasmic
D: Dynein light chain 1, cytoplasmic
E: Dynein light chain Tctex-type
H: Dynein light chain Tctex-type
J: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
K: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,27310
ポリマ－53,8886
非ポリマー3844
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28030 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area37470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.969, 119.870, 211.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein


分子量: 10635.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1 / プラスミド: pET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q24117
#2: タンパク質
Dynein light chain Tctex-type / TCTEX-1 protein homolog


分子量: 12631.708 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dlc90F, Tctex / プラスミド: pET24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q94524
#3: タンパク質・ペプチド
Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein intermediate chain 2 / cytosolic / DH IC-2 / Cytoplasmic dynein intermediate chain 2


分子量: 3677.293 Da / 分子数: 4
Fragment: LC binding site, sequence database residues 132-164
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dync1i2, Dnci2, Dncic2 / プラスミド: pET28-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q62871
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 13.9 / 数: 411870 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.27 / D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 36881 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
6.023098.810.0621.497
4.786.0210010.0651.446
4.184.7810010.0621.497
3.84.1810010.0731.406
3.533.810010.0861.342
3.323.5310010.1041.328
3.153.3210010.1411.182
3.023.1510010.1931.081
2.93.0210010.2710.978
2.82.910010.3620.94
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 36881 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.4410.50.0830.441
2Se47.5610.0190.1030.1820.382
3Se54.4650.9950.2070.180.395
4Se44.5920.9580.2880.1950.348
5Se600.7520.0440.0560.398
6Se42.6310.9430.1950.1830.21
7Se600.8520.0080.0650.395
8Se57.4440.950.170.1920.312
9Se34.5150.0030.190.1930.29
10Se600.8590.0670.0660.451

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.98 Å / FOM work R set: 0.831 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1815 4.9 %
Rwork0.208 --
obs-36416 98.4 %
溶媒の処理Bsol: 21.882 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.829 Å20 Å20 Å2
2---2.817 Å20 Å2
3---11.646 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6902 0 25 24 6951
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 36

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.8-2.830.35560.319780836
2.83-2.850.416470.3129541001
2.85-2.880.35510.299591010
2.88-2.910.35560.296925981
2.91-2.940.348540.271925979
2.94-2.980.304590.28936995
2.98-3.010.352470.2719561003
3.01-3.040.35530.2489491002
3.04-3.080.265530.2569631016
3.08-3.120.273530.255935988
3.12-3.160.304440.244955999
3.16-3.210.304390.249761015
3.21-3.250.31470.2449731020
3.25-3.30.298480.229938986
3.3-3.350.292480.2279801028
3.35-3.410.269530.212939992
3.41-3.460.241400.1979821022
3.46-3.530.249500.2099661016
3.53-3.60.235490.2029621011
3.6-3.670.319510.219851036
3.67-3.750.205470.1749591006
3.75-3.840.227480.2089791027
3.84-3.930.285510.2199651016
3.93-4.040.297470.2059751022
4.04-4.160.22600.189661026
4.16-4.290.204450.1779731018
4.29-4.440.191450.179841029
4.44-4.620.211570.1629831040
4.62-4.830.231570.1679631020
4.83-5.090.21430.159881031
5.09-5.410.247470.1819911038
5.41-5.820.182620.2189761038
5.82-6.410.293470.23710061053
6.41-7.340.293640.2349851049
7.34-9.250.181430.16610261069
9.25-500.010.183540.189944998
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2sul_xplor.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5mse_xplor.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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