PDB-6l80: Crystal structure of pombe Mod21 N-terminus and Mozart1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l80

タイトル

Crystal structure of pombe Mod21 N-terminus and Mozart1

要素

Gamma-tubulin complex subunit mod21
Mitotic-spindle organizing protein 1

キーワード

TRANSLATION / gamma tubulin complex / microprotien / microtubule

機能・相同性

機能・相同性情報

spindle pole body anchor activity / inner plaque of mitotic spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / gamma-tubulin small complex / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.00049753238 Å

データ登録者

Huang, T.L. / Wang, H.J. / Wang, S.W. / Hsia, K.C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Promiscuous Binding of Microprotein Mozart1 to gamma-Tubulin Complex Mediates Specific Subcellular Targeting to Control Microtubule Array Formation.
著者: Huang, T.L. / Wang, H.J. / Chang, Y.C. / Wang, S.W. / Hsia, K.C.

履歴

登録	2019年11月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l80.cif.gz	167.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l80.ent.gz	111.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l80.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l80_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l80_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	6l80_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6l80_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l80	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l7rC 6l81C 6l82C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z8m-2 6hfo-d 5wk0-d 2gml-1 6l81-1 7nxz-d 5civ-d 6l7q-d 4a1k-d 4wee-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-tubulin complex subunit mod21

B: Mitotic-spindle organizing protein 1

C: Gamma-tubulin complex subunit mod21

D: Mitotic-spindle organizing protein 1

48.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-tubulin complex subunit mod21

B: Mitotic-spindle organizing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Gamma-tubulin complex subunit mod21

D: Mitotic-spindle organizing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.513, 83.513, 122.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Gamma-tubulin complex subunit mod21 分子量: 12937.141 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminus / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mod21, SPAC806.08c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UT52
#2: タンパク質	Mitotic-spindle organizing protein 1 分子量: 11308.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mzt1, tam4, SPAC9G1.15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CF96*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	First 3 residues (G,P, and H) from the provided sequence of chain B/D are expression tag of the protein.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 267023 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.3077560766 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 29883 / CC_1/2: 0.927

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.00049753238→29.5263043086 Å / SU ML: 0.208899365849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33785732234 / 位相誤差: 22.6560892751
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234597403669	3723	6.70122576813 %
R_work	0.199550446775	51834	-
obs	0.201863724302	55557	99.1717391692 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.0801219207 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.00049753238→29.5263043086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2515	0	0	88	2603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00735816816879	2540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763288281084	3416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0456171121532	419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00450150300664	426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.4308780928	1591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0005-2.0258	0.276936284176	121	0.249829561398	1696	X-RAY DIFFRACTION	86.9377990431
2.0258-2.0525	0.233567941304	133	0.222411949951	1847	X-RAY DIFFRACTION	94.964028777
2.0525-2.0806	0.294661480282	136	0.204407488259	1910	X-RAY DIFFRACTION	98.9361702128
2.0806-2.1103	0.266667528264	141	0.207380111413	1938	X-RAY DIFFRACTION	99.9519230769
2.1103-2.1418	0.230083280316	135	0.205689359059	1937	X-RAY DIFFRACTION	99.9035679846
2.1418-2.1752	0.228747887131	138	0.206093757148	1891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2109	0.241232836731	138	0.203126005687	1958	X-RAY DIFFRACTION	99.8570747975
2.2109-2.249	0.260359129619	143	0.220993265811	1917	X-RAY DIFFRACTION	99.6131528046
2.249-2.2899	0.237943183359	136	0.212387096007	1907	X-RAY DIFFRACTION	99.6585365854
2.2899-2.3339	0.268687160049	142	0.214056819595	1958	X-RAY DIFFRACTION	99.9524036173
2.3339-2.3815	0.216476968711	134	0.198466251465	1920	X-RAY DIFFRACTION	99.9513381995
2.3815-2.4333	0.245732107493	142	0.205647090185	1951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4333-2.4899	0.313343780052	137	0.205994854794	1943	X-RAY DIFFRACTION	99.9519461797
2.4899-2.5521	0.271522115208	136	0.223607741255	1927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5521-2.6211	0.222886259866	142	0.213560118905	1961	X-RAY DIFFRACTION	99.9524714829
2.6211-2.6981	0.246120062801	138	0.202704718393	1930	X-RAY DIFFRACTION	99.8551424433
2.6981-2.7852	0.256741085129	140	0.214802535738	1922	X-RAY DIFFRACTION	99.9031007752
2.7852-2.8846	0.261555259388	137	0.231390302863	1945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3	0.273467264476	141	0.222500643699	1926	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.1364	0.239648785344	139	0.204906674379	1906	X-RAY DIFFRACTION	99.9511241447
3.1364-3.3015	0.243889549277	137	0.207246056872	1952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3015-3.5081	0.243008733833	139	0.196125691214	1943	X-RAY DIFFRACTION	99.9040307102
3.5081-3.7785	0.220577917249	144	0.182253898525	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7785-4.1578	0.195194628299	142	0.164584159141	1928	X-RAY DIFFRACTION	99.9034749035
4.1578-4.7572	0.191054460973	133	0.156289215295	1931	X-RAY DIFFRACTION	99.7101449275
4.7572-5.9854	0.229446892568	136	0.200407436506	1935	X-RAY DIFFRACTION	99.9035214665
5.9854-10	0.191530539877	143	0.200700420601	1924	X-RAY DIFFRACTION	99.1842610365

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 41.8997806617 Å / Origin y: 41.3625837428 Å / Origin z: 47.1580100255 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.19924547516 Å²	0.0203069110137 Å²	0.00231173212613 Å²	-	0.138916032396 Å²	0.00727000681086 Å²	-	-	0.119456756786 Å²
L	1.18799673016 °²	-0.0782198961305 °²	0.284372994866 °²	-	0.913790195479 °²	0.0166164500339 °²	-	-	1.18622267435 °²
S	0.0488740097353 Å °	0.266579052807 Å °	0.000798094363958 Å °	-0.253194550152 Å °	-0.0668499004594 Å °	-0.0331058068809 Å °	0.0212372092123 Å °	0.07198096842 Å °	0.0146639954533 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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