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- PDB-5wk0: Crystal structure of the bacillithiol transferase BstA from Staph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wk0
タイトルCrystal structure of the bacillithiol transferase BstA from Staphylococcus aureus.
要素Damage-inducible protein DinB
キーワードUNKNOWN FUNCTION / bacillithiol / detoxification / helix bundle / metalloenzyme
機能・相同性DinB-like domain / DinB superfamily / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / transferase activity / NICKEL (II) ION / Bacillithiol transferase BstA / Bacillithiol transferase BstA
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus sp. HMSC055H04 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.335 Å
データ登録者Cook, P.D. / Francis, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM117488 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Structure and function of the bacillithiol-S-transferase BstA from Staphylococcus aureus.
著者: Francis, J.W. / Royer, C.J. / Cook, P.D.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Damage-inducible protein DinB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7322
ポリマ－18,6731
非ポリマー591
水2,270126
1
A: Damage-inducible protein DinB
ヘテロ分子

A: Damage-inducible protein DinB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4644
ポリマ－37,3472
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.019, 42.572, 50.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Damage-inducible protein DinB


分子量: 18673.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus sp. HMSC055H04 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF2819_01945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A1E8X683, UniProt: A0A2C9TMM3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate 20% (+/-) 2-methyl-2,4-dimethyl pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月1日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.335→50.4 Å / Num. obs: 32630 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.335→1.34 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 319 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSdata processing
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CEX

3cex


解像度: 1.335→32.526 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 1578 4.84 %
Rwork0.1505 --
obs0.1524 32580 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.335→32.526 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 1 126 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7941804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.626748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3353-1.37840.24381270.21322827X-RAY DIFFRACTION100
1.3784-1.42770.24451460.19712786X-RAY DIFFRACTION100
1.4277-1.48480.18651430.16512809X-RAY DIFFRACTION100
1.4848-1.55240.20581270.14172818X-RAY DIFFRACTION100
1.5524-1.63430.17031600.12732831X-RAY DIFFRACTION100
1.6343-1.73660.18511340.12522854X-RAY DIFFRACTION100
1.7366-1.87070.18391430.12852811X-RAY DIFFRACTION100
1.8707-2.05890.17371420.13492689X-RAY DIFFRACTION95
2.0589-2.35680.17831570.13392659X-RAY DIFFRACTION93
2.3568-2.9690.19181530.15672876X-RAY DIFFRACTION100
2.969-32.53590.19171460.15943042X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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