PDB-6l7u: Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion, Ba-SAD data

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l7u

タイトル

Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion, Ba-SAD data

要素

Fukutin-related protein

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pentitol metabolic process / filtration diaphragm assembly / pentose metabolic process / connective tissue development / creatine metabolic process / connective tissue replacement / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / oxygen metabolic process / localization of cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Kuwabara, N.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy.
著者: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2019年11月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l7u.cif.gz	833.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l7u.ent.gz	581.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6l7u_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l7u_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7u	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fukutin-related protein

B: Fukutin-related protein

C: Fukutin-related protein

D: Fukutin-related protein

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.147, 119.241, 255.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Fukutin-related protein / Ribitol-5-phosphate transferase

分子量: 50026.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKRP / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9S5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン

分子量: 137.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4-8% PEG 4000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5),0.5 M LiCl2, 20 mM BaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→49.25 Å / Num. obs: 230030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 28.4 % / B_iso Wilson estimate: 43.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 22.4
反射シェル	解像度: 2.24→2.28 Å / R_merge(I) obs: 3.288 / Num. unique obs: 5586 / CC_1/2: 0.838 / R_rim(I) all: 3.352

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.24→49.24 Å / SU ML: 0.2841 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 26.7174 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	10983	5.01 %
R_work	0.2001	208064	-
obs	0.2018	219047	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→49.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13531	0	78	499	14108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	13984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7666	19175
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0555	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	2538
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.4616	8266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.27	0.4628	338	0.4596	6992	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.27-2.29	0.3171	355	0.2997	6879	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.29-2.32	0.3166	370	0.2891	6927	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.32-2.35	0.3276	373	0.2881	6917	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.35-2.38	0.3021	345	0.2836	6906	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.38-2.41	0.3085	349	0.2789	7018	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.41-2.45	0.3025	367	0.2627	6881	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.45-2.48	0.2614	358	0.2466	6993	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.48-2.52	0.2628	406	0.2464	6851	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.52-2.56	0.297	340	0.2386	6957	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.56-2.61	0.3043	353	0.2468	6927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.66	0.3225	394	0.2375	6985	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.66-2.71	0.2246	336	0.2282	6922	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.76	0.2504	356	0.2275	6962	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.76-2.82	0.2538	355	0.2202	6927	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.82-2.89	0.2908	388	0.2309	6902	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.89-2.96	0.2942	371	0.2442	7007	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.96-3.04	0.2937	345	0.2368	6893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.13	0.2729	387	0.23	6937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.23	0.2772	376	0.2233	6963	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.23-3.35	0.2437	395	0.2134	6897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.48	0.2835	403	0.215	6945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.64	0.2542	333	0.2014	6944	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.83	0.2187	367	0.1812	6965	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.83-4.07	0.1868	379	0.1647	6955	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.38	0.1754	362	0.154	6882	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.82	0.1577	395	0.1451	6941	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-5.52	0.1963	345	0.1534	6961	X-RAY DIFFRACTION	100
5.52-6.95	0.2015	387	0.1796	6912	X-RAY DIFFRACTION	100
6.95-49.24	0.1884	355	0.1589	6916	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.769902310879	0.644751855246	0.0270127715007	3.92765848975	-0.070627706458	3.19212481153	-0.0207556167305	0.15028433849	0.075589466266	-0.337557544996	-0.00660401622757	0.559862086836	0.000209466934995	-0.710195752385	0.0242710223377	0.33855689138	0.051330055769	-0.0634689564468	0.481916202913	-0.0150302799212	0.389152205208	-9.68921165727	238.228945093	26.7172945231
2	2.46573016605	0.457137705243	0.159050402325	1.86830415366	0.300918032092	1.51359000196	0.0137532784093	-0.195626925993	0.157740498648	0.188357577084	-0.0724890913424	0.35656450198	-0.178665324448	-0.445007807436	0.0622954528706	0.367919139557	0.0848158717717	0.0912645190028	0.411585950869	-0.00128582803925	0.304652671693	-3.67774272677	243.366964502	43.9167011775
3	2.29421297566	-0.977594206827	1.25840987291	3.40333269989	-0.204682235353	4.15336003978	-0.111884867704	-0.101568948141	0.292113482347	0.493025703376	0.113833092577	-0.915659717114	0.0636388151976	0.547978882881	-0.00286348282089	0.373378528266	0.0450851012031	-0.106829574095	0.420104854463	-0.0333032299904	0.520385355084	31.5268915818	245.024356301	62.4765443203
4	4.57129677763	0.120182879156	0.723964639375	5.86775578742	-1.05418734606	4.46936501064	0.0346889732508	0.310059072452	0.12447891225	-0.409208474635	0.184668321844	-1.17313602372	-0.497668716018	0.618153799636	-0.163972184206	0.506871041601	-0.0801860306113	0.127040858561	0.385629057969	-0.108209187742	0.502902444797	29.448704824	251.248933713	22.5114105819
5	0.178620064154	-0.4692800668	0.106470980613	1.38329999768	-0.689867111704	2.01258878638	0.0403725064738	-0.234666146078	0.146283046991	-0.183376803062	-0.120918809745	-0.267782076912	-0.156323099481	0.167029673605	0.0742028267018	0.442187761918	-0.0161988613509	0.0880333568461	0.305116517519	-0.0100623988642	0.386356002459	21.3635965402	251.316551925	32.7701483518
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7	2.74137471553	0.881015506926	0.358523744992	2.50678473201	-0.0205998080279	2.01782742876	-0.0445921345716	0.635651806512	-0.226395167571	-0.787332076886	0.254584531712	-0.829757640995	-0.183562250675	0.370677094025	-0.213979754457	0.663657518258	-0.00182077509667	0.21705221303	0.475244397253	-0.111277470743	0.51538805056	23.3632874184	240.205564991	10.1656167398
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 139 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 289 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 290 through 493 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 47 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 84 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 112 through 139 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 140 through 250 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 251 through 301 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 302 through 336 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 337 through 430 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 431 through 490 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 47 through 289 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 290 through 493 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 47 through 83 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 84 through 111 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 112 through 250 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 251 through 272 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 273 through 374 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 375 through 485 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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