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- PDB-6kaj: Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kaj
タイトルCrystal structure of FKRP in complex with Ba ion
要素Fukutin-related protein
キーワードTRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Matriglycan biosynthesis on DAG1 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / protein O-linked glycosylation via mannose / dystroglycan binding / skeletal muscle myofibril / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / protein tetramerization / sarcolemma ...Matriglycan biosynthesis on DAG1 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / protein O-linked glycosylation via mannose / dystroglycan binding / skeletal muscle myofibril / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / protein tetramerization / sarcolemma / Golgi membrane / Golgi apparatus / : / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
LicD family / : / : / LicD/FKTN/FKRP, nucleotidyltransferase domain / Fukutin-related protein stem domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / D-ribitol / Ribitol 5-phosphate transferase FKRP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2249 Å
データ登録者Kuwabara, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16K07284 日本
Japan Society for the Promotion of Science26840029 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy.
著者: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.
履歴
登録2019年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fukutin-related protein
B: Fukutin-related protein
C: Fukutin-related protein
D: Fukutin-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,90928
ポリマ－200,1074
非ポリマー4,80224
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area74870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.369, 118.820, 253.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCD

#1: タンパク質
Fukutin-related protein / Ribitol-5-phosphate transferase


分子量: 50026.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKRP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9S5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 551分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 403.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-RB0 / D-ribitol


分子量: 152.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION


分子量: 137.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4-8% PEG 4,000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH7.5), 0.5 M LiCl2 and 20 mM BaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→44.16 Å / Num. obs: 114810 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2 / Net I/σ(I): 14.36
反射 シェル解像度: 2.2249→2.2502 Å / Num. unique obs: 3420

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2249→44.158 Å / SU ML: 0.3127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3496
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 5723 4.98 %
Rwork0.2086 --
obs0.2103 114810 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2249→44.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13774 0 256 535 14565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005114444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.867619814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04872210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00522596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.76359282
LS精密化 シェル解像度: 2.2249→2.25 Å /
反射数%反射
Rfree173 -
Rwork3420 -
obs-93.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01228799980.9319344042640.0511387687852.317629008540.2321234523882.419051147430.00328647347699-0.01951706108490.260101183880.141742790427-0.06951487032810.405297216893-0.111608963825-0.4986861035690.04080444076730.3969289047510.09090060830150.05668548750810.3593588243110.02486052341210.333089513894-8.27203640541242.10080554534.6694176958
23.147522962030.6995476384792.498220811231.296380426291.400679815832.375531023970.0666214903631-0.187326533181-0.1532041829440.40768205404-0.00100621246183-0.1261745525770.172580626977-0.175857680884-0.0570268252420.5325228641580.03656089909340.05552417780290.3051493897910.05968943879940.30303870503315.2078081745237.34128744651.1792023014
34.30479776635-0.7288878493891.948902019244.820953660360.6628579142725.35067236233-0.1195141565080.2225749873920.50637827860.579208224998-0.0684105870921-1.07131506423-0.1071754121970.7846435588210.1854575533150.559536115031-0.0133498726869-0.1515018060180.4342616142960.08853609968020.52210973149634.1542145028245.41321656164.1013105054
42.410034316661.215726605690.4673380420713.303298998091.050111198791.981578410430.0157074186160.328498357089-0.245680512018-0.3072996237940.164875793028-0.679572208261-0.02664589982920.329397554289-0.168978034520.4533187972540.01399760854850.08536834440230.326710029411-0.01712773370150.46134814832724.3517302446242.92009875417.5262278795
51.757807789030.2439794764750.4243244705055.359378135140.01070225536462.907379316420.112676453527-0.277785198835-0.2879315250310.2999217811530.000695715128482-0.04094948030170.344135571636-0.262605630197-0.1039184047020.346183660724-0.00165247229993-0.04538159989680.2837940171670.06599343517350.3203671904532.04772005799203.09629916416.2166048042
62.091104274580.386402148413-0.8396259713361.53485833148-0.01696918098061.38735636157-0.0404713874405-0.147890185761-0.1060414434220.0634385194506-0.0945435228192-0.2774700146220.04164924438790.2407286277870.1539453479230.4612404191570.0390798875089-0.03360602539840.3290921184110.05636144629910.30298201868841.1223324653277.44293841138.3700094039
73.02656320718-0.986036444235-1.902223182362.79030073586-0.09825936017344.60498145437-0.14554661912-0.0377588665116-0.3015979039650.631770323955-0.04145004208260.84898439684-0.0382816133992-0.6642132476550.17833004830.587469171717-0.008462119532270.1659832911120.446173032915-0.07036221781810.5102710090735.6047674773273.54354035565.1375299385
86.514710387210.1475000350561.171678771199.927144727231.653565442725.2251327022-0.1895000363960.223968454637-0.157121217888-0.2500829543980.2362217401580.7247004396470.446055805894-0.35404152466-0.0998970874390.40187425033-0.0383772077802-0.01195359522590.2602954179590.08587496640530.2590744625447.84159862848269.17690726223.5547718991
92.21274580621-0.8036877076891.253929095090.5885726279-0.2390326162380.82271065756-0.1473567546690.001700908538570.0582899743115-0.159870395178-0.05552894715660.0719051189773-0.1158377870520.08454899352530.2106821668410.496543063838-0.01664477918490.007023725560380.230774099187-0.009868419225670.29458102517718.3405053743268.00008233728.3468164782
106.48843361981-1.72690107335-4.576628958414.583469623273.315369099259.80982661565-0.08067292131530.745362468313-0.441891584855-0.7485661430850.004199353815490.5669004951240.553380799375-0.7840469355390.08439048171410.747203216821-0.0882844319928-0.2256654017580.4404676777560.04207858059550.4080069729516.87442494642273.57550192110.7472732016
112.945729775441.59834672253-0.2295642520312.85785104012-0.04150293062541.34571797591-0.1178637661850.4683142245410.235238458432-0.7233206829180.1042257007030.254814777729-0.212438772655-0.06946023028190.02905585208040.706373610012-0.00308911619617-0.04356074074630.3584135994560.01176413036250.28915297311317.9168550499285.33125497712.3075561869
124.379525095211.30263731116-1.425027452882.73567176387-0.4398138524422.1464477835-0.232387846510.5350889058460.185565051165-0.4625767014120.3193980881280.474891968901-0.0722640670462-0.356588819986-0.05242841211020.613211209544-0.0208323143615-0.1309867423110.3526728101120.06519944106920.43014224067210.1210055893280.48576985214.9205009013
132.036280180284.88779746951-8.394513664834.73916704405-4.244345767318.878713764390.735816214541-0.07781511362320.6204336392650.608915565867-0.2830173487380.686656942485-1.07318154823-0.260692470683-0.4598176525690.6481213989450.061663464024-0.020440585570.398175992518-0.01603599628030.45337411517911.9259927876289.91192272329.4818633682
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 250 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 251 through 336 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 337 through 491 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 47 through 272 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 273 through 491 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 47 through 315 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 316 through 491 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 47 through 83 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 84 through 128 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 129 through 166 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 167 through 217 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 218 through 250 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 251 through 272 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 273 through 336 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 337 through 402 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 403 through 454 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 455 through 491 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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