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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6l7s | |||||||||
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Title | Crystal structure of FKRP in complex with Mg ion, Zinc peak data | |||||||||
![]() | Fukutin-related protein | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase | |||||||||
Function / homology | ![]() pentose metabolic process / pentitol metabolic process / filtration diaphragm assembly / connective tissue development / oxygen metabolic process / connective tissue replacement / creatine metabolic process / reproductive process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Transferases for other substituted phosphate groups ...pentose metabolic process / pentitol metabolic process / filtration diaphragm assembly / connective tissue development / oxygen metabolic process / connective tissue replacement / creatine metabolic process / reproductive process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Transferases for other substituted phosphate groups / localization of cell / protein O-linked mannosylation / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / diaphragm development / response to alcohol / reelin-mediated signaling pathway / basement membrane organization / skeletal muscle fiber differentiation / glial cell differentiation / respiratory system process / skeletal muscle tissue regeneration / dystroglycan binding / protein import / camera-type eye development / adult walking behavior / neuromuscular process / bone mineralization / skeletal muscle myofibril / heart morphogenesis / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / response to glucocorticoid / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to activity / muscle contraction / glycolytic process / protein tetramerization / neuron migration / lipid metabolic process / brain development / protein processing / sarcolemma / in utero embryonic development / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kuwabara, N. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy. Authors: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 588.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 4.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 69.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 98.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kajC ![]() 6kakC ![]() 6kalC ![]() 6kamC ![]() 6kanSC ![]() 6l7tC ![]() 6l7uC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50026.805 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q9H9S5, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 4-8% PEG 4,000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH7.5), and 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2825 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.41→47.3 Å / Num. obs: 177276 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 12.97 |
Reflection shell | Resolution: 2.41→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4418 / CC1/2: 0.839 / Rrim(I) all: 0.695 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6KAN Resolution: 2.41→47.3 Å / SU ML: 0.2726 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.4418 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.41→47.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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