PDB-6l7s: Crystal structure of FKRP in complex with Mg ion, Zinc peak data

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l7s

タイトル

Crystal structure of FKRP in complex with Mg ion, Zinc peak data

要素

Fukutin-related protein

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pentitol metabolic process / filtration diaphragm assembly / pentose metabolic process / connective tissue development / creatine metabolic process / connective tissue replacement / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / oxygen metabolic process / localization of cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Kuwabara, N.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy.
著者: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2019年11月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l7s.cif.gz	846.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l7s.ent.gz	588.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l7s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6l7s_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l7s_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	6l7s_validation.xml.gz	69.2 KB	表示
CIF形式データ	6l7s_validation.cif.gz	98.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kajC 6kakC 6kalC 6kamC 6kanSC 6l7tC 6l7uC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kan-d 6l7u-d 6kak-d 6l7t-d 6kal-d 6kaj-d 6kam-d 2fsf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fukutin-related protein

B: Fukutin-related protein

C: Fukutin-related protein

D: Fukutin-related protein

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.939, 119.384, 257.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Fukutin-related protein / Ribitol-5-phosphate transferase

分子量: 50026.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKRP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9S5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4-8% PEG 4,000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH7.5), and 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.2825 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2825 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→47.3 Å / Num. obs: 177276 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.25 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 12.97
反射シェル	解像度: 2.41→2.45 Å / R_merge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4418 / CC_1/2: 0.839 / R_rim(I) all: 0.695

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KAN

6kan

解像度: 2.41→47.3 Å / SU ML: 0.2726 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4418 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	8777	4.95 %
R_work	0.1817	168447	-
obs	0.1831	177224	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13555	0	108	854	14517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	14063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7816	19277
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0443	2148
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	2548
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.2004	9037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.41-2.43	0.3173	323	0.2862	5230	X-RAY DIFFRACTION	95.13
2.43-2.46	0.2797	325	0.2526	5580	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.46-2.49	0.2745	282	0.2412	5724	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.49-2.52	0.2424	301	0.2382	5544	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.52-2.56	0.2834	295	0.2397	5637	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.56-2.59	0.2544	292	0.2287	5646	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.59-2.63	0.2813	307	0.2206	5645	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.63-2.67	0.2445	298	0.2245	5641	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.67-2.71	0.2402	301	0.2207	5530	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.71-2.75	0.2434	277	0.2055	5711	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.75-2.8	0.2417	278	0.209	5610	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.8-2.85	0.2645	288	0.2022	5671	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.85-2.91	0.2282	298	0.2014	5614	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.91-2.97	0.2475	284	0.2033	5622	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.97-3.03	0.2704	303	0.2164	5603	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.03-3.1	0.2328	282	0.2154	5687	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.1-3.18	0.2441	297	0.1986	5584	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.18-3.26	0.2084	245	0.1977	5713	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.26-3.36	0.2485	304	0.1866	5662	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.36-3.47	0.2267	298	0.1893	5547	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.47-3.59	0.215	297	0.1847	5649	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.59-3.74	0.1864	240	0.1722	5688	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.74-3.91	0.1791	301	0.157	5514	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.91-4.11	0.1699	269	0.1507	5664	X-RAY DIFFRACTION	99.51
4.11-4.37	0.1836	304	0.1513	5607	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.37-4.71	0.158	312	0.1415	5610	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.71-5.18	0.2126	279	0.1429	5676	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.18-5.93	0.1963	270	0.1694	5657	X-RAY DIFFRACTION	99.68
5.93-7.46	0.2036	313	0.1742	5629	X-RAY DIFFRACTION	99.88
7.46-47.3	0.1496	314	0.1566	5552	X-RAY DIFFRACTION	99.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.97203060234	-0.828339102696	0.786522443094	5.00680056925	-0.921183035387	3.82760528464	-0.214735619292	0.0561977568326	0.0949420616337	-0.065041237826	0.00646762196516	0.692669053503	0.130185132686	-0.807972939157	0.109447597959	0.219804399007	-0.0157360564021	-0.0472672064107	0.363797425739	-0.0479564327972	0.327332598644	-13.7595636475	237.976638582	29.5861887138
2	1.09972917357	0.895682952174	-0.153109135411	3.20930785571	0.385036959746	1.96635906584	-0.0112125736666	0.16745176762	-0.045816536412	-0.421120763681	0.0111328483568	0.358684947918	0.0861439560007	-0.193817883898	0.00521114624774	0.310427113173	0.0271729686014	-0.0592633868758	0.3183389344	0.0036125500735	0.305216462006	-6.91015701533	239.041975297	25.3587017499
3	2.41391815817	0.247468777413	-0.0131246036572	1.92595960749	0.200536766478	1.52114488358	0.0474950355232	-0.29194213036	0.157097555442	0.107634605899	-0.117463906753	0.388534815089	-0.0422187574186	-0.38550190276	0.0707758101811	0.228510217439	0.0297291507639	0.0544718227303	0.313033880792	-0.02424984189	0.282552925428	-6.97192730477	247.090874251	42.9307228095
4	3.32211372435	1.98264185707	1.24900125317	2.63064615712	0.886494170456	1.11940770829	0.0649476525466	-0.346673328714	-0.388206050004	0.266222608222	-0.0758805735029	-0.136870410645	0.2185113796	-0.238520084659	0.0549770675426	0.364206343341	0.0225087409008	0.0443629740789	0.352726194487	0.0470165961039	0.283740011257	4.87264841763	234.346610207	47.9028462857
5	4.04094788466	-0.526717960462	0.127001670097	6.87964610497	-1.31705679437	5.65099024167	-0.0458909924525	0.153486710169	-0.0114418272522	-0.172475771317	-0.0171994480942	-0.648039316043	0.143768570232	0.277297489383	0.0342163984131	0.228489358606	0.0330399684699	-0.0475997900928	0.268447084115	0.00483057178269	0.262144913392	24.7209762139	244.154995007	48.1650384561
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ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 139 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 140 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 251 through 289 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 290 through 315 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 316 through 413 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 414 through 446 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 447 through 493 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 46 through 272 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 273 through 336 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 337 through 490 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 47 through 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 84 through 139 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 140 through 174 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 175 through 250 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 251 through 289 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 290 through 374 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 375 through 442 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 443 through 493 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 47 through 83 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 84 through 111 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 112 through 150 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 151 through 197 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 198 through 250 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 251 through 272 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 273 through 315 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 316 through 485 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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