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- PDB-6l76: Crystal structure of the Ni(II)(Chro)2-d(TTGGGCCGAA/TTCGGCCCAA) c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l76
タイトルCrystal structure of the Ni(II)(Chro)2-d(TTGGGCCGAA/TTCGGCCCAA) complex at 2.94 angstrom resolution
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA / Duplex DNA / GGGGCC motif / nucleotide flipping-out / Hoogsteen base pair
機能・相同性Chem-CPH / NICKEL (II) ION / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Hou, M.H. / Jhan, C.R. / Satange, R.B. / Lin, S.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Targeting the ALS/FTD-associated A-DNA kink with anthracene-based metal complex causes DNA backbone straightening and groove contraction.
著者: Jhan, C.R. / Satange, R. / Wang, S.C. / Zeng, J.Y. / Horng, Y.C. / Jin, P. / Neidle, S. / Hou, M.H.
履歴
登録2019年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,27623
ポリマ－12,1804
非ポリマー5,09619
水75742
1
A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,60911
ポリマ－6,0902
非ポリマー2,5199
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3900 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,66712
ポリマ－6,0902
非ポリマー2,57710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.718, 64.718, 246.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 ADBC

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3085.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3004.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 多糖
2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H- ...2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl acetate


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 318.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad212m-1b_1-5_4*OCC/3=O][ad112m-1a_1-5_4*OC]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2-deoxy-Fucp4Ac]{[(3+1)][a-D-2-deoxy-Fucp4Me]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol- ...3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 432.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[ad222m-1b_1-5][ad611m-1a_1-5_3*C_4*OCC/3=O]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp4Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 53分子

#5: 化合物
ChemComp-CPH / (1S)-5-deoxy-1-O-methyl-1-C-[(2R,3S)-3,5,7,10-tetrahydroxy-6-methyl-4-oxo-1,2,3,4-tetrahydroanthracen-2-yl]-D-xylulose / None / クロモマイシノン


分子量: 420.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24O9
#6: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM TTGGGCCGAA, 1 mM TTCGGCCCAA, 3 mM Chromomycin A3, 6 mM NiSO4, 2.5 mM Spermine,40 mM Sodium cacodylate (pH=7), 4 % PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→30 Å / Num. obs: 12146 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 74.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.94-3.0410.40.5096690.9360.1620.5350.689100
3.04-3.1710.20.2356840.9890.0760.2480.805100
3.17-3.319.90.1516980.9950.050.1590.931100
3.31-3.499.80.1266980.9960.0420.1330.95100
3.49-3.79.60.1176950.9940.040.1241.066100
3.7-3.999.50.0927120.9970.0310.0971.074100
3.99-4.3990.0667070.9980.0230.071.05899.6
4.39-5.028.50.067220.9960.0220.0641.06699
5.02-6.328.50.0477300.9980.0170.050.8796.8
6.32-307.80.0337760.9990.0120.0350.57691.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VAQ

1vaq


解像度: 2.94→25.511 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 1248 10.27 %
Rwork0.2346 --
obs0.2389 12146 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 214.51 Å2 / Biso mean: 93.8655 Å2 / Biso min: 61.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.94→25.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 787 339 52 1178
Biso mean--88.46 110.04 -
残基数----39
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.381843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.578236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.415418
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.94-3.05740.30861360.2875120799
3.0574-3.19630.26511380.22321219100
3.1963-3.36450.28441370.19661222100
3.3645-3.57480.22991420.20911232100
3.5748-3.84990.27991380.22341214100
3.8499-4.23580.24731410.21751220100
4.2358-4.84510.24931420.20711213100
4.8451-6.09050.28521400.2309119098
6.0905-25.510.32131340.2894118195
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.1521 Å / Origin y: 6.1794 Å / Origin z: -14.636 Å
111213212223313233
T1.572 Å20.7793 Å20.1047 Å2-0.3068 Å20.2227 Å2--0.6463 Å2
L2.9085 °2-0.0884 °2-0.2765 °2-1.9851 °2-0.5325 °2--1.1217 °2
S0.63 Å °0.7639 Å °-0.2108 Å °0.1659 Å °-1.1268 Å °0.5923 Å °-1.0954 Å °0.1688 Å °0.0927 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION1allB11 - 20
3X-RAY DIFFRACTION1allE21 - 36
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION1allD11 - 20
6X-RAY DIFFRACTION1allF21 - 36
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 7
8X-RAY DIFFRACTION1allH8 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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