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- PDB-6l6r: Crystal structure of LRP6 E1E2-SOST complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6r
タイトルCrystal structure of LRP6 E1E2-SOST complex
要素
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
  • Sclerostin
キーワードSIGNALING PROTEIN / LRP6 / Sclerostin / Wnt signaling / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / BMP binding / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / BMP binding / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / cellular response to cholesterol / midbrain dopaminergic neuron differentiation / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / negative regulation of ossification / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / neural crest cell differentiation / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of BMP signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / response to mechanical stimulus / BMP signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / Regulation of FZD by ubiquitination / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / TCF dependent signaling in response to WNT / ossification / protein localization to plasma membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / nervous system development / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / DNA-binding transcription factor binding / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sclerostin/Sclerostin domain-containing protein 1 / Sclerostin (SOST) / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain ...Sclerostin/Sclerostin domain-containing protein 1 / Sclerostin (SOST) / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Cystine-knot cytokine / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Sclerostin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Choi, H.-J. / Kim, J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2016R1A2B4013488 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063903 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Sclerostin inhibits Wnt signaling through tandem interaction with two LRP6 ectodomains.
著者: Kim, J. / Han, W. / Park, T. / Kim, E.J. / Bang, I. / Lee, H.S. / Jeong, Y. / Roh, K. / Kim, J. / Kim, J.S. / Kang, C. / Seok, C. / Han, J.-K. / Choi, H.-J.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
C: Sclerostin
D: Sclerostin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,36215
ポリマ－176,8884
非ポリマー2,47411
水00
1
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
C: Sclerostin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7118
ポリマ－88,4442
非ポリマー1,2676
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
D: Sclerostin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6527
ポリマ－88,4442
非ポリマー1,2085
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)252.792, 252.792, 86.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 20 through 630)
21(chain B and resid 20 through 630)
12(chain C and (resid 78 through 121 or resid 131 through 177))
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPPROPRO(chain A and resid 20 through 630)AA20 - 6302 - 612
211ASPASPPROPRO(chain B and resid 20 through 630)BB20 - 6302 - 612
112TYRTYRARGARG(chain C and (resid 78 through 121 or resid 131 through 177))CC78 - 12159 - 102
122ASPASPSERSER(chain C and (resid 78 through 121 or resid 131 through 177))CC131 - 177112 - 158
212TYRTYRSERSERchain DDD78 - 17759 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 70531.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75581
#2: タンパク質 Sclerostin


分子量: 17912.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOST, UNQ2976/PRO7455/PRO7476 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQB4

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 513.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-L-Fucp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.66 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, magnesium acetate, sodium citrate, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03314 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03314 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→29.861 Å / Num. obs: 31260 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 87.19 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.253 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.8-4.014.30.7545170.7910.4070.86199.5
12.02-29.8640.0619790.9950.0340.07193.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DOW, 2K8P

1dow

2k8p


解像度: 3.8→29.861 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 2465 7.89 %
Rwork0.2069 28795 -
obs0.2108 31260 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.44 Å2 / Biso mean: 100.5119 Å2 / Biso min: 61.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→29.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11154 0 160 0 11314
Biso mean--129.06 --
残基数----1404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72615792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491759
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7196943
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5821X-RAY DIFFRACTION6.424TORSIONAL
12B5821X-RAY DIFFRACTION6.424TORSIONAL
21C901X-RAY DIFFRACTION6.424TORSIONAL
22D901X-RAY DIFFRACTION6.424TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.8001-3.8730.33621430.2816156999
3.873-3.95190.31851240.27451600100
3.9519-4.03760.31741250.24131591100
4.0376-4.13130.28451300.23541603100
4.1313-4.23440.30871550.2231566100
4.2344-4.34850.25671130.21011619100
4.3485-4.47610.25651410.19961563100
4.4761-4.620.27421340.1921608100
4.62-4.78450.22491550.18281583100
4.7845-4.97530.24371460.17341568100
4.9753-5.20060.21691370.18521587100
5.2006-5.47320.25471190.19741633100
5.4732-5.81370.24761230.2161609100
5.8137-6.25880.25461290.21291610100
6.2588-6.88170.29311430.20981598100
6.8817-7.86150.24311820.20211597100
7.8615-9.84540.24391420.18321610100
9.8454-29.8610.20151240.2033168199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8867-1.31470.12812.2233-0.05611.095-0.08730.1148-0.1178-0.07040.1456-0.31340.19480.128500.7795-0.13080.06830.8993-0.09060.830557.6884294.04310.4249
22.0954-1.80750.26452.2867-0.1230.50150.0372-0.1280.23170.106-0.02430.0169-0.0653-0.1107-00.7078-0.08350.05491.0113-0.05470.838828.6539325.6335-30.416
30.0684-0.0782-0.15440.24040.40010.47190.2785-0.1145-0.73290.103-0.2160.07840.4530.0533-01.06990.0139-0.05931.17540.10981.317286.0273319.982323.21
40.238-0.0015-0.43210.01210.01630.5258-0.11090.15070.0268-0.3980.21540.72530.0464-0.3607-01.04170.0215-0.04031.20970.06121.227656.7286351.9276-43.2391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 19 through 1002)A19 - 1002
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 20 through 1002)B20 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 78 through 177)C78 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 78 through 177)D78 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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