PDB-6l6d: X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-N-acetylga...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l6d

タイトル

X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-N-acetylgalactosamine

要素

Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich structure / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / carbohydrate binding / : / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structures of human galectin-10/monosaccharide complexes demonstrate potential of monosaccharides as effectors in forming Charcot-Leyden crystals.
著者: Itoh, A. / Nonaka, Y. / Nakakita, S.I. / Yoshida, H. / Nishi, N. / Nakamura, T. / Kamitori, S.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l6d.cif.gz	48.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l6d.ent.gz	30.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l64C 6l67C 6l68C 6l6aC 6l6bC 6l6cC 1qkqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l6a-1 5vcv-d 6l67-1 3m7j-2 5hvj-2 6bdx-d 3m7h-1 6kfb-1 3m58-d 6vbt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.900, 48.900, 261.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-356- HOH
2	1	A-357- HOH

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 16644.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#2: 糖

ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→19.63 Å / Num. obs: 14992 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / Num. unique obs: 1048 / CC_1/2: 0.903

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKQ

1qkq

解像度: 1.93→19.628 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.315 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2332	759	5.063 %
R_work	0.2017	-	-
all	0.203	-	-
obs	-	14992	99.814 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0.001 Å²	0 Å²
2-	-	0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1159	0	15	70	1244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.363	1.665	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.189	1.588	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.076	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.522	22.5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.407	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.931	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.15	975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.15	552
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.15	585
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.083	0.15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.068	1.74	567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.068	1.736	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.78	2.592	707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.779	2.597	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.635	1.979	635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.634	1.979	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.653	2.873	919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.651	2.873	920
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.915	19.429	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.915	19.36	1237

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.93-1.98	0.244	50	0.22	998	0.221	1048	0.901	0.913	100	0.19
1.98-2.033	0.271	50	0.214	1004	0.217	1054	0.889	0.917	100	0.185
2.033-2.092	0.314	57	0.214	932	0.22	989	0.897	0.92	100	0.183
2.092-2.155	0.241	57	0.199	932	0.201	989	0.912	0.935	100	0.173
2.155-2.225	0.236	47	0.199	931	0.201	978	0.936	0.938	100	0.172
2.225-2.302	0.281	52	0.204	847	0.208	899	0.901	0.931	100	0.174
2.302-2.388	0.321	48	0.204	850	0.209	898	0.865	0.934	100	0.175
2.388-2.484	0.241	44	0.206	830	0.208	874	0.922	0.937	100	0.181
2.484-2.592	0.233	47	0.22	791	0.22	838	0.936	0.936	100	0.195
2.592-2.716	0.288	35	0.208	780	0.211	815	0.911	0.943	100	0.181
2.716-2.86	0.261	29	0.198	733	0.201	762	0.93	0.948	100	0.177
2.86-3.03	0.288	39	0.217	699	0.22	738	0.898	0.937	100	0.196
3.03-3.234	0.223	33	0.203	657	0.204	690	0.94	0.95	100	0.187
3.234-3.485	0.223	34	0.206	627	0.207	661	0.947	0.952	100	0.197
3.485-3.805	0.218	34	0.198	570	0.199	604	0.96	0.959	100	0.189
3.805-4.235	0.158	29	0.171	536	0.17	565	0.977	0.97	100	0.171
4.235-4.852	0.145	25	0.159	485	0.158	510	0.988	0.974	100	0.165
4.852-5.854	0.22	19	0.204	421	0.205	440	0.968	0.965	100	0.202
5.854-7.933	0.31	19	0.218	356	0.221	375	0.922	0.959	100	0.216
7.933-19.628	0.17	11	0.238	254	0.235	266	0.981	0.964	99.6241	0.254

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関連情報:EMDBヘッダ

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