PDB-6l6c: X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-arabinose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l6c

タイトル

X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-arabinose

要素

Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich structure / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structures of human galectin-10/monosaccharide complexes demonstrate potential of monosaccharides as effectors in forming Charcot-Leyden crystals.
著者: Itoh, A. / Nonaka, Y. / Nakakita, S.I. / Yoshida, H. / Nishi, N. / Nakamura, T. / Kamitori, S.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / pdbx_chem_comp_identifier / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l6c.cif.gz	47.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l6c.ent.gz	30 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l6c_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l6c_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6l6c_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	6l6c_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l64C 6l67C 6l68C 6l6aC 6l6bC 6l6dC 1qkqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ub4-2 6gkt-2 5ub6-2 3ort-d 5ub4-1 5ub7-1 3cvg-2 6l68-1 4uub-1 1rz4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.780, 48.780, 260.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- HOH
2	1	A-349- HOH

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 16644.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#2: 糖

ChemComp-64K / alpha-D-arabinopyranose / alpha-D-arabinose / D-arabinose / arabinose / α-D-アラビノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DArapa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-arabinopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Arap	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Ara	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→19.513 Å / Num. obs: 19058 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.77→1.82 Å / Num. unique obs: 1366 / CC_1/2: 0.928

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKQ

1qkq

解像度: 1.77→19.513 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 2.766 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	981	5.147 %
R_work	0.2328	-	-
all	0.235	-	-
obs	-	19058	99.853 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→19.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1138	0	20	61	1219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.667	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.22	1.59	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.285	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.762	22.903	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.29	15	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.921	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.15	989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.15	577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.077	0.15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.168	1.962	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.164	1.957	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.824	2.93	697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.824	2.935	698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.431	2.204	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.423	2.204	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.258	3.229	909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.26	3.236	910
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.026	22.327	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.022	22.201	1214

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.77-1.816	0.283	67	0.242	1299	0.244	1366	0.872	0.886	0.217
1.816-1.865	0.264	68	0.235	1242	0.237	1310	0.893	0.908	0.211
1.865-1.919	0.282	73	0.239	1210	0.241	1283	0.889	0.899	0.216
1.919-1.977	0.267	73	0.234	1169	0.236	1242	0.884	0.905	0.21
1.977-2.041	0.264	65	0.247	1170	0.248	1235	0.9	0.906	0.227
2.041-2.112	0.253	58	0.233	1124	0.234	1182	0.91	0.915	0.217
2.112-2.191	0.275	58	0.243	1071	0.245	1129	0.906	0.917	0.232
2.191-2.279	0.258	61	0.233	1045	0.234	1106	0.925	0.921	0.221
2.279-2.379	0.288	59	0.248	1000	0.25	1059	0.907	0.906	0.236
2.379-2.493	0.288	58	0.243	977	0.245	1035	0.883	0.904	0.231
2.493-2.626	0.321	50	0.251	931	0.254	981	0.896	0.914	0.244
2.626-2.782	0.254	39	0.252	880	0.253	919	0.909	0.913	0.247
2.782-2.969	0.312	44	0.251	837	0.254	881	0.861	0.895	0.253
2.969-3.201	0.288	40	0.258	799	0.259	839	0.869	0.898	0.265
3.201-3.497	0.329	42	0.24	749	0.245	791	0.874	0.903	0.254
3.497-3.894	0.226	30	0.215	664	0.215	694	0.941	0.947	0.226
3.894-4.467	0.233	29	0.19	627	0.192	656	0.948	0.959	0.212
4.467-5.401	0.221	27	0.21	534	0.21	561	0.955	0.957	0.239
5.401-7.361	0.237	20	0.223	441	0.224	461	0.968	0.957	0.247
7.361-19.513	0.192	20	0.212	308	0.211	328	0.972	0.97	0.251

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