ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.16_3549精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ACW 解像度: 1.914→33.484 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.3 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.207 | 1599 | 5.04 % |
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Rwork | 0.1579 | 30146 | - |
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obs | 0.1604 | 31745 | 98.27 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 95.53 Å2 / Biso mean: 24.7488 Å2 / Biso min: 7.65 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.914→33.484 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3520 | 0 | 57 | 426 | 4003 |
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Biso mean | - | - | 25.39 | 32.46 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 454 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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1.9141-1.9758 | 0.2567 | 111 | 0.2027 | 2467 | 89 | 1.9758-2.0465 | 0.2268 | 148 | 0.1907 | 2725 | 100 | 2.0465-2.1284 | 0.2379 | 141 | 0.1778 | 2732 | 100 | 2.1284-2.2252 | 0.2431 | 119 | 0.1688 | 2769 | 99 | 2.2252-2.3425 | 0.2325 | 159 | 0.1678 | 2725 | 100 | 2.3425-2.4892 | 0.2217 | 167 | 0.1664 | 2733 | 100 | 2.4892-2.6814 | 0.2337 | 153 | 0.1671 | 2770 | 99 | 2.6814-2.951 | 0.2005 | 146 | 0.1655 | 2787 | 100 | 2.951-3.3777 | 0.2189 | 153 | 0.155 | 2792 | 100 | 3.3777-4.2542 | 0.1813 | 141 | 0.1343 | 2794 | 99 | 4.2542-33.484 | 0.1688 | 161 | 0.1437 | 2852 | 96 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.1812 | 0.3342 | 0.0663 | 1.0123 | 0.2173 | 0.9148 | -0.0066 | -0.0654 | 0.0437 | 0.1037 | 0.002 | -0.1304 | -0.0463 | 0.1016 | -0.0108 | 0.143 | 0.0076 | -0.0177 | 0.1253 | -0.0072 | 0.1103 | 45.178 | 54.397 | 41.944 | 2 | 0.8604 | 0.4299 | 0.258 | 1.8391 | 2.0128 | 3.0075 | -0.0243 | -0.025 | -0.1185 | 0.3996 | 0.2346 | -0.3846 | 0.1962 | 0.8984 | -0.1994 | 0.2338 | 0.0311 | -0.0775 | 0.3096 | 0.0218 | 0.2206 | 45.03 | 36.555 | 39.152 | 3 | 0.8545 | 0.032 | -0.0176 | 0.8131 | 0.0158 | 1.3319 | -0.0045 | 0.0552 | 0.0591 | -0.0676 | -0.0015 | 0.023 | -0.0542 | 0.0091 | 0.0031 | 0.0953 | -0.0006 | -0.0057 | 0.0773 | 0.0102 | 0.0993 | 36.603 | 50.859 | 21.62 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND RESID 6:181 )A6 - 181 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ( CHAIN A AND RESID 182:212 )A182 - 212 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ( CHAIN A AND RESID 213:469 )A213 - 469 | | | | | | |
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