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- PDB-6l4m: Crystal structure of vicilin from Solanum lycopersicum (tomato) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4m
タイトルCrystal structure of vicilin from Solanum lycopersicum (tomato)
要素Vicilin
キーワードPLANT PROTEIN / Enzyme / superoxide dismutase activity / vicilin / 7S globulin
機能・相同性
機能・相同性情報


Vicilin, N-terminal / Vicilin N terminal region / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...Vicilin, N-terminal / Vicilin N terminal region / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXYBENZOIC ACID / Vicilin
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Jain, A. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Comparative study of 7S globulin from Corylus avellana and Solanum lycopersicum revealed importance of salicylic acid and Cu-binding loop in modulating their function.
著者: Shikhi, M. / Jain, A. / Salunke, D.M.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vicilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6502
ポリマ－45,5121
非ポリマー1381
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The crystal structure has one monomer per asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area17250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.980, 135.980, 135.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Vicilin


分子量: 45511.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: B0JEU3
#2: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 6429 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 640 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CAD

5cad


解像度: 3.302→39.254 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 389 6.05 %
Rwork0.2075 --
obs0.2109 6426 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.302→39.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 10 0 2846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6253911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2011738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3019-3.77930.33071230.24351988X-RAY DIFFRACTION100
3.7793-4.76030.241450.19811979X-RAY DIFFRACTION100
4.7603-39.25680.2611210.19822073X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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