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- PDB-6l4i: Monomeric structure of monellin loop1 mutant with QEPKG motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4i
タイトルMonomeric structure of monellin loop1 mutant with QEPKG motif
要素Single chain Monellin
キーワードPLANT PROTEIN / Monomer / L1 mutant
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Monomer structure of Loop1 mutant Monellin with QEPKG motif
著者: Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S.
履歴
登録2019年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single chain Monellin
B: Single chain Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2682
ポリマ－21,2682
非ポリマー00
水1,08160
1
A: Single chain Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6341
ポリマ－10,6341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Single chain Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6341
ポリマ－10,6341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.049, 58.322, 45.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 33 or resid 35...
21(chain B and (resid 2 through 33 or resid 35...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEU(chain A and (resid 1 through 32 or resid 34...AA2 - 332 - 33
12PHEPHETHRTHR(chain A and (resid 1 through 32 or resid 34...AA35 - 4635 - 46
13GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 1 through 32 or resid 34...AA52 - 8452 - 84
14GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 1 through 32 or resid 34...AA86 - 9186 - 91
21GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34...BB2 - 332 - 33
22PHEPHETHRTHR(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34...BB35 - 4635 - 46
23GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34...BB52 - 7552 - 75
24ARGARGASNASN(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34...BB77 - 8577 - 85
25GLYGLYPROPRO(chain B and (resid 1 through 32 or resid 34...BB86 - 9186 - 91

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要素

#1: タンパク質 Single chain Monellin


分子量: 10634.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code ...The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code AFF58925. Residues 48-57 YENEGFREIK have been replaced with QEPK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.1 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium citrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.548 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.16 Å / Num. obs: 7620 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 21.8 / Num. measured all: 37427 / Scaling rejects: 89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.273.90.11823386060.9920.0660.13611.491.1
9.07-45.164.60.0415381160.9990.0220.04729.798.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.152精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O9A

2o9a


解像度: 2.2→35.705 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 28.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 396 5.2 %
Rwork0.178 --
obs0.1816 7619 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.07 Å2 / Biso mean: 24.6482 Å2 / Biso min: 9.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→35.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1438 0 0 60 1498
Biso mean---27.32 -
残基数----175
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A474X-RAY DIFFRACTION8.591TORSIONAL
12B474X-RAY DIFFRACTION8.591TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2001-2.51840.31011180.2051234596
2.5184-3.17270.29141380.1992413100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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