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- PDB-1ci5: GLYCAN-FREE MUTANT ADHESION DOMAIN OF HUMAN CD58 (LFA-3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ci5
タイトルGLYCAN-FREE MUTANT ADHESION DOMAIN OF HUMAN CD58 (LFA-3)
要素PROTEIN (LYMPHOCYTE FUNCTION-ASSOCIATED ANTIGEN 3(CD58))
キーワードIMMUNE SYSTEM / ADHESION GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY V-SET DOMAIN / CELL SURFACE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


heterotypic cell-cell adhesion / ficolin-1-rich granule membrane / secretory granule membrane / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / cell-cell adhesion / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation ...heterotypic cell-cell adhesion / ficolin-1-rich granule membrane / secretory granule membrane / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / cell-cell adhesion / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte function-associated antigen 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Sun, Z.Y.J. / Dotsch, V. / Kim, M. / Li, J. / Reinherz, E.L. / Wagner, G.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Functional glycan-free adhesion domain of human cell surface receptor CD58: design, production and NMR studies.
著者: Sun, Z.Y. / Dotsch, V. / Kim, M. / Li, J. / Reinherz, E.L. / Wagner, G.
履歴
登録1999年4月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (LYMPHOCYTE FUNCTION-ASSOCIATED ANTIGEN 3(CD58))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0031
ポリマ－11,0031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25LEAST ENERGY FUNCTION
代表モデルモデル #3

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (LYMPHOCYTE FUNCTION-ASSOCIATED ANTIGEN 3(CD58)) / 1DCD58-6M


分子量: 11003.180 Da / 分子数: 1 / 断片: ADHESION DOMAIN / 変異: F1S/V9K/V21Q/V58K/T85S/L93G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CELL SURFACE / プラスミド: PET11A-1DCD58X6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): 1DCD58X6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19256

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121NOESY-HSQC
131HNCA
141CBCA(CO)NH
151HBHA(CBCACO)NH
161(H)CCH-TOCSY
171HNHA
181HNHB
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED 1DCD58-6M.

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試料調製

詳細内容: 10% D2O
試料状態イオン強度: 10 mM NAPO4 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Varian INOVA500VarianINOVA5005002
Varian INOVA750VarianINOVA7507503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
XEASY構造決定
X-PLOR構造決定
DIANA構造決定
DYANA構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: NO NOE VIOLATION GREATER THAN 0.3 A, NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATION GREATER THAN 5 DEGREE. AVERAGE BACKBONE ATOM (RESIDUE 3 - 95) RMSD TO MEAN STRUCTURE 0.37 A, AVERAGE HEAVY ATOM (RESIDUE 3 - ...詳細: NO NOE VIOLATION GREATER THAN 0.3 A, NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATION GREATER THAN 5 DEGREE. AVERAGE BACKBONE ATOM (RESIDUE 3 - 95) RMSD TO MEAN STRUCTURE 0.37 A, AVERAGE HEAVY ATOM (RESIDUE 3 - 95) RMSD TO MEAN STRUCTURE 0.93 A.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST ENERGY FUNCTION / 計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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