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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l3t | ||||||
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タイトル | Human Cx31.3/GJC3 connexin hemichannel in the absence of calcium | ||||||
要素 | Gap junction gamma-3 protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Gap junction / Hemichannel / Hexamer / ATP release | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 connexin complex / gap junction channel activity / myelination / sensory perception of sound / cell-cell signaling / myelin sheath / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, H.J. / Jeong, H. / Ryu, B. / Hyun, J. / Woo, J.S. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of human Cx31.3/GJC3 connexin hemichannel. 著者: Hyuk-Joon Lee / Hyeongseop Jeong / Jaekyung Hyun / Bumhan Ryu / Kunwoong Park / Hyun-Ho Lim / Jejoong Yoo / Jae-Sung Woo / 要旨: Connexin family proteins assemble into hexameric channels called hemichannels/connexons, which function as transmembrane channels or dock together to form gap junction intercellular channels (GJIChs). ...Connexin family proteins assemble into hexameric channels called hemichannels/connexons, which function as transmembrane channels or dock together to form gap junction intercellular channels (GJIChs). We determined the cryo-electron microscopy structures of human connexin 31.3 (Cx31.3)/GJC3 hemichannels in the presence and absence of calcium ions and with a hearing-loss mutation R15G at 2.3-, 2.5-, and 2.6-Å resolutions, respectively. Compared with available structures of GJICh in open conformation, Cx31.3 hemichannel shows substantial structural changes of highly conserved regions in the connexin family, including opening of calcium ion-binding tunnels, reorganization of salt-bridge networks, exposure of lipid-binding sites, and collocation of amino-terminal helices at the cytoplasmic entrance. We also found that the hemichannel has a pore with a diameter of ~8 Å and selectively transports chloride ions. Our study provides structural insights into the permeant selectivity of Cx31.3 hemichannel. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l3t.cif.gz | 425.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l3t.ent.gz | 364 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l3t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l3t_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l3t_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6l3t_validation.xml.gz | 52.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l3t_validation.cif.gz | 70 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/6l3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/6l3t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31339.365 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJC3, GJE1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFK1 #2: 化合物 | ChemComp-LMN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human Cx31.3/GJC3 connexin hemichannel in the absence of calcium タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 287003 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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