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- PDB-6l3p: Crystal strcuture of Feruloyl-CoA hydratase lyase(FCHL) complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l3p
タイトルCrystal strcuture of Feruloyl-CoA hydratase lyase(FCHL) complexed with CoA
要素Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
キーワードLYASE / Feruloyl-CoA hydratae lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillin synthase / trans-feruloyl-CoA hydratase / :
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seok, J. / Seo, H. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Kinetic and structural analysis for bioproduction of vanillin by feruloyl-CoA hydratase/lyase from Pseudomonas putida KT2440
著者: Seok, J. / Seo, H. / Kim, K.-J.
履歴
登録2019年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
B: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2439
ポリマ－64,2472
非ポリマー1,9967
水46826
1
A: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
B: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
ヘテロ分子

A: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
B: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
ヘテロ分子

A: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
B: Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,72827
ポリマ－192,7426
非ポリマー5,98721
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area33120 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area52630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.781, 136.781, 242.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase


分子量: 32123.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: PP_3358 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q88HJ8, vanillin synthase, trans-feruloyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 25% propanediol, PEG3000, Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 29931 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 38.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 2038 / CC1/2: 0.935

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2j5i

2j5i


解像度: 2.5→31.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 11.473 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.273
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1451 4.8 %RANDOM
Rwork0.2358 ---
obs0.2382 28480 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.06 Å2 / Biso mean: 47.723 Å2 / Biso min: 11.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→31.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 126 26 4007
Biso mean--62.51 36.26 -
残基数----487
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0144052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.6975489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9161.6658569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3185483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38821.925213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.47815700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0021532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02735
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 102 -
Rwork0.396 2038 -
all-2140 -
obs--97.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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