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万見
- PDB-6l35: PSI-LHCI Supercomplex from Physcometrella patens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l35
タイトルPSI-LHCI Supercomplex from Physcometrella patens
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 4
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 3
  • (Predicted protein ...) x 2
  • PSI subunit V
  • PSI-F
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaE
  • PsaH photosystem I reaction center subunit
  • PsaK
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cryo-EM / PSI-LHCI / Physcomitrella patens
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I antenna complex / response to low light intensity stimulus / pigment binding / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I ...photosystem I antenna complex / response to low light intensity stimulus / pigment binding / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / serine-type endopeptidase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre ...: / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / PSI subunit V / Predicted protein / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / PsaH photosystem I reaction center subunit / Predicted protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Zhao, L. / Yan, Q.J. / Qin, X.C.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Antenna arrangement and energy-transfer pathways of PSI-LHCI from the moss Physcomitrella patens.
著者: Qiujing Yan / Liang Zhao / Wenda Wang / Xiong Pi / Guangye Han / Jie Wang / Lingpeng Cheng / Yi-Kun He / Tingyun Kuang / Xiaochun Qin / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of ...Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of green plants, moss is at an evolutionarily intermediate position from aquatic photosynthetic organisms to land plants, being the first photosynthetic organisms that landed. Here, we report the structure of the PSI-LHCI supercomplex from the moss Physcomitrella patens (Pp) at 3.23 Å resolution solved by cryo-electron microscopy. Our structure revealed that four Lhca subunits are associated with the PSI core in an order of Lhca1-Lhca5-Lhca2-Lhca3. This number is much decreased from 8 to 10, the number of subunits in most green algal PSI-LHCI, but the same as those of land plants. Although Pp PSI-LHCI has a similar structure as PSI-LHCI of land plants, it has Lhca5, instead of Lhca4, in the second position of Lhca, and several differences were found in the arrangement of chlorophylls among green algal, moss, and land plant PSI-LHCI. One chlorophyll, PsaF-Chl 305, which is found in the moss PSI-LHCI, is located at the gap region between the two middle Lhca subunits and the PSI core, and therefore may make the excitation energy transfer from LHCI to the core more efficient than that of land plants. On the other hand, energy-transfer paths at the two side Lhca subunits are relatively conserved. These results provide a structural basis for unravelling the mechanisms of light-energy harvesting and transfer in the moss PSI-LHCI, as well as important clues on the changes of PSI-LHCI after landing.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0821
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Predicted protein PsaD
E: PsaE
F: PSI-F
G: Predicted protein PsaG
H: PsaH photosystem I reaction center subunit
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: PsaK
L: PSI subunit V
M: Photosystem I reaction center subunit XII
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,145222
ポリマ－359,35117
非ポリマー167,795205
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82313.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q8MFA3, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82316.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q8MFA2, photosystem I

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タンパク質 , 6種, 6分子 CEFHKL

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8649.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXQ2, photosystem I
#5: タンパク質 PsaE


分子量: 6895.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1IKE2
#6: タンパク質 PSI-F / PsaF


分子量: 17465.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1J0L9
#8: タンパク質 PsaH photosystem I reaction center subunit


分子量: 9861.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SL09
#11: タンパク質 PsaK


分子量: 7916.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SFV4, UniProt: A0A2K1KU02*PLUS
#12: タンパク質 PSI subunit V / PsaL domain-containing protein


分子量: 16892.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9S7M7, UniProt: A0A2K1IAD0*PLUS

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Predicted protein ... , 2種, 2分子 DG

#4: タンパク質 Predicted protein PsaD


分子量: 15654.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SRC8, UniProt: A0A2K1JKF2*PLUS
#7: タンパク質 Predicted protein PsaG


分子量: 10564.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SJ10, UniProt: A0A2K1JC42*PLUS

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Photosystem I reaction center subunit ... , 3種, 3分子 IJM

#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3791.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXR3
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4597.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXM2
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3051.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXK4

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Chlorophyll a-b binding protein, ... , 4種, 4分子 2635

#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 22922.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1K0C7
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 20761.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9T399, UniProt: A0A2K1JLZ3*PLUS
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23250.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9TEM8, UniProt: A0A2K1IB10*PLUS
#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Lhca5


分子量: 22445.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1KN29

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糖 , 1種, 1分子

#23: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 9種, 204分子

#18: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#19: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#20: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#22: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#24: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#25: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#26: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#27: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-LHCI / タイプ: COMPLEX / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Physcomitrella patens (植物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70288 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.23 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00436893
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.3552791
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.855872
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0434494
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046750

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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