PDB-6l2o: Crystal structure of the R.PabI(Y68F-K154A)-dsDNA(GTAC-5bp-GTAC) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l2o

タイトル

Crystal structure of the R.PabI(Y68F-K154A)-dsDNA(GTAC-5bp-GTAC) complex

要素

DNA (5'-D(*CP*A*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*G)-3')
RE_R_Pab1 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE/DNA / glycosylase / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease type II Pab1 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Distortion of double-stranded DNA structure by the binding of the restriction DNA glycosylase R.PabI.
著者: Miyazono, K.I. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.

履歴

登録	2019年10月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月25日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.2	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/6l2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/6l2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l2nC 6m3lC 5iffS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3foz-d 3f2b-d 1efw-1 1g29-3 2zxu-d 2wlm-d 4lp8-1 3f2c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RE_R_Pab1 domain-containing protein

B: RE_R_Pab1 domain-containing protein

C: DNA (5'-D(*CP*A*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*G)-3')

57.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RE_R_Pab1 domain-containing protein

B: RE_R_Pab1 domain-containing protein

C: DNA (5'-D(*CP*A*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*G)-3')

A: RE_R_Pab1 domain-containing protein

B: RE_R_Pab1 domain-containing protein

C: DNA (5'-D(*CP*A*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.429, 82.429, 140.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	RE_R_Pab1 domain-containing protein 分子量: 25324.137 Da / 分子数: 2 / 変異: Y68F, K154A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2B6
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAGPCPAPGPTPAPCPTPTPAPAPAPGPTPAPCPTPGPCPTPG)-3') 分子量: 7064.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.3, 51% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→46.78 Å / Num. obs: 28711 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 54.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.27	6.7	0.852	16404	2449	0.832	0.349	0.924	1.7	99.9
9.07-46.78	8.8	0.048	4175	477	0.999	0.017	0.051	38	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IFF

5iff

解像度: 2.2→41.21 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.36 / 位相誤差: 32.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2572	2677	4.96 %
R_work	0.2166	-	-
obs	0.2186	28609	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.72 Å² / B_iso mean: 82.3083 Å² / B_iso min: 39.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→41.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3494	407	0	0	3901
残基数	-	-	-	-	449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.623	5507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	615
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	629
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.256	2382

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2-2.24	0.368	134	0.3674	2634	99
2.24-2.2831	0.4173	142	0.3384	2746	100
2.2831-2.3297	0.3594	109	0.3325	2719	100
2.3297-2.3803	0.3582	148	0.3057	2718	100
2.3803-2.4357	0.3549	154	0.3078	2686	100
2.4357-2.4966	0.3959	126	0.3005	2713	100
2.4966-2.5641	0.3827	138	0.2831	2717	100
2.5641-2.6395	0.2692	196	0.294	2611	100
2.6395-2.7247	0.3337	130	0.2777	2693	99
2.7247-2.8221	0.303	130	0.2703	2720	100
2.8221-2.9351	0.3086	120	0.2734	2726	100
2.9351-3.0686	0.3105	168	0.2692	2696	100
3.0686-3.2303	0.2772	131	0.2558	2684	100
3.2303-3.4326	0.2565	93	0.2241	2780	100
3.4326-3.6975	0.2572	164	0.2228	2697	100
3.6975-4.0693	0.2105	142	0.2028	2704	100
4.0693-4.6574	0.2256	176	0.1656	2653	100
4.6574-5.8652	0.2414	154	0.1742	2707	100
5.8652-41.214	0.2118	122	0.1806	2721	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2487	-4.2828	-3.9032	5.9963	6.8186	7.9502	0.3987	-0.0346	0.3505	-0.5094	-0.1986	-0.3568	-0.4691	-0.7512	-0.1799	0.6508	0.037	0.0223	0.5044	0.0399	0.4117	38.0872	-20.3744	-38.0982
2	4.7518	3.2131	0.3894	2.2086	0.044	6.4249	0.0327	-0.09	0.8344	0.3944	0.2339	-0.1162	-1.2246	0.8548	-0.3679	0.8405	-0.02	0.1324	0.7692	-0.0907	0.5969	44.4777	-7.6797	-29.6903
3	0.9324	-0.3026	-0.7547	2.2189	2.3074	5.3235	-0.0003	-0.1056	-0.062	0.2438	-0.0374	-0.0644	0.6914	0.1715	0.0103	0.481	0.0139	-0.0413	0.5832	0.0439	0.4049	42.1664	-27.2197	-19.0351
4	2.2691	-0.8728	0.2675	3.1264	0.1754	3.9301	0.1059	-0.2566	0.1124	-0.1107	-0.0468	0.0878	-0.0742	-0.2102	-0.0748	0.4178	0.0373	-0.0302	0.5628	-0.0418	0.3199	41.3241	-24.5099	-27.409
5	4.4815	-2.3513	-1.6903	8.9331	5.3402	3.2074	0.1179	0.3586	0.3009	-1.3194	-0.4098	0.0075	-1.3618	-1.0672	0.4547	0.734	0.4478	-0.2252	1.2573	-0.0757	0.5797	12.4748	-5.9975	-8.956
6	3.8711	1.3251	0.266	6.0591	0.6581	5.9461	-0.064	0.2392	0.1217	-0.2528	0.3695	0.5935	-0.6595	-1.2157	-0.234	0.4479	0.1683	-0.0194	0.9811	0.034	0.4178	17.4591	-7.6359	-4.3928
7	3.0608	-2.8598	-2.4002	6.627	3.5361	7.0331	0.3225	-0.1664	0.7368	0.081	0.1992	-0.8922	-1.2089	0.6913	-0.5642	0.7238	-0.2186	0.0173	0.7096	0.089	0.4514	40.5282	-3.9102	-3.3117
8	4.5569	-1.7893	1.9497	2.28	-0.3017	4.9113	0.2693	0.6314	0.1248	-0.3634	-0.3841	-0.0998	-0.7481	-0.3227	0.0635	0.6106	0.0223	0.0023	0.4982	0.0037	0.3501	30.9454	-8.0623	-5.1653
9	2.6388	0.4872	0.7079	5.408	1.4147	4.9533	0.3169	0.0831	0.2877	-0.029	-0.2753	0.5307	-1.1075	-1.215	0.0468	0.7215	0.2721	0.0464	0.8558	0.0041	0.4002	19.1675	-0.5381	-2.503
10	3.0062	-3.0464	-3.3362	3.1107	3.8075	9.8957	1.7385	0.847	-1.6176	0.8798	-1.6717	2.44	-0.5706	-0.5321	0.2415	1.2896	0.2203	-0.0855	1.3953	0.2942	1.3868	21.5406	-6.6259	-33.5926
11	3.465	1.9557	-3.6969	6.6716	-5.1053	6.6194	-1.8708	0.4597	-1.0616	-1.3459	1.0414	-0.3095	1.4678	-1.2659	0.5964	0.6505	-0.0777	-0.0377	0.9348	0.176	0.8829	19.7455	-19.6372	-21.0845
12	7.4794	0.4925	0.2084	2.2814	-0.577	6.0514	-1.141	-1.9313	-0.3497	-0.0991	0.3779	-0.0095	-0.91	-1.136	0.9172	0.8966	-0.0702	-0.2448	1.1975	0.2133	0.8722	0.1337	-20.3478	-24.1361
13	1.9223	2.8473	-2.3735	4.2932	-3.1302	4.4398	1.021	0.7439	1	1.8405	-0.0984	0.9188	-1.5938	-2.6759	-0.5909	1.328	0.3023	0.0919	1.7288	0.1039	0.984	-10.812	-25.767	-12.5079

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 30 )	A	7 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 66 )	A	31 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 145 )	A	67 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 223 )	A	146 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 30 )	B	7 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 92 )	B	31 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 93 through 129 )	B	93 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 130 through 172 )	B	130 - 172
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 173 through 223 )	B	173 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -9 through -5 )	C	-9 - -5
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid -4 through 0 )	C	-4 - 0
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 5 )	C	1 - 5
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 6 through 10 )	C	6 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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