[日本語] English
万見
- PDB-6l0w: Structure of RLD2 BRX domain bound to LZY3 CCL motif -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l0w
タイトルStructure of RLD2 BRX domain bound to LZY3 CCL motif
要素
  • NGR2
  • RLD2
キーワードSIGNALING PROTEIN / gravitropism / gravitropic setpoint angle / auxin / BRX domain
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral root branching / gravitropism / regulation of growth / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Brevis radix (BRX) domain / Transcription factor BREVIS RADIX, N-terminal domain / LAZY family / Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3 / Transcription factor BRX N-terminal domain / BRX domain profile. / Pleckstrin homology domain / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 ...Brevis radix (BRX) domain / Transcription factor BREVIS RADIX, N-terminal domain / LAZY family / Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3 / Transcription factor BRX N-terminal domain / BRX domain profile. / Pleckstrin homology domain / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Pleckstrin homology domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Regulator of chromosome condensation (RCC1) family with FYVE zinc finger domain-containing protein / Protein LAZY 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.591 Å
データ登録者Hirano, Y. / Futrutani, M. / Nishimura, T. / Taniguchi, M. / Morita, M.T. / Hakoshima, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyCREST JPMJCR14M5 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Polar recruitment of RLD by LAZY1-like protein during gravity signaling in root branch angle control.
著者: Furutani, M. / Hirano, Y. / Nishimura, T. / Nakamura, M. / Taniguchi, M. / Suzuki, K. / Oshida, R. / Kondo, C. / Sun, S. / Kato, K. / Fukao, Y. / Hakoshima, T. / Morita, M.T.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RLD2
B: NGR2
C: RLD2
D: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3877
ポリマ－18,9474
非ポリマー4403
水2,882160
1
A: RLD2
B: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6623
ポリマ－9,4732
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5150 Å2
手法PISA
2
C: RLD2
D: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7254
ポリマ－9,4732
非ポリマー2512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.755, 55.658, 93.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RLD2 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) family with FYVE zinc finger domain-containing protein


分子量: 7624.250 Da / 分子数: 2 / 変異: V1057M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g12350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star (DE3) / 参照: UniProt: F4K0X5
#2: タンパク質・ペプチド NGR2 / LZY3


分子量: 1849.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NGR2, At1g72490, T10D10.4, T10D10_4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star (DE3) / 参照: UniProt: Q5XVG3
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, 0.05 M sodium citrate buffer (pH 6.5), 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9658 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9658 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 26622 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2261 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998: ???精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.591→47.763 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 1281 4.82 %Random selection
Rwork0.1914 ---
obs0.193 26550 98.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.591→47.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1298 0 30 160 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9721894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.571831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.591-1.65450.25491290.21972521X-RAY DIFFRACTION90
1.6545-1.72980.20941300.19982693X-RAY DIFFRACTION95
1.7298-1.8210.20461340.19062781X-RAY DIFFRACTION98
1.821-1.93510.23961580.18892793X-RAY DIFFRACTION100
1.9351-2.08460.20321300.18722854X-RAY DIFFRACTION100
2.0846-2.29430.20891460.17922837X-RAY DIFFRACTION100
2.2943-2.62630.21731580.2052837X-RAY DIFFRACTION100
2.6263-3.30870.291300.20982926X-RAY DIFFRACTION100
3.3087-47.7630.20511660.17493027X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る