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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l0r | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the O-Phosphoserine Sulfhydrylase from Aeropyrum pernix Complexed with O-Acetylserine | ||||||
![]() | Protein CysO | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CYSTEINE BIOSYNTHESIS / SULFHYDRYLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() O-phosphoserine sulfhydrylase / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cystathionine beta-synthase / cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakabayashi, M. / Takeda, E. / Ishikawa, K. / Nakamura, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of amino acid residues important for recognition of O-phospho-l-serine substrates by cysteine synthase. 著者: Takeda, E. / Matsui, E. / Kiryu, T. / Nakagawa, T. / Nakabayashi, M. / Ishikawa, K. / Nakamura, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 294.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 238.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41897.637 Da / 分子数: 4 / 変異: K127A, F225Y, R297A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K1 / 遺伝子: cysO, APE_1586 / プラスミド: pET3D / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9YBL2, cystathionine beta-synthase, cysteine synthase, O-phosphoserine sulfhydrylase #2: 化合物 | ChemComp-E1R / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium N-2-hydroxyethylpiperazine-N'-2-ethanesulfonate buffer, pH 8.2 (7.9), 29% (v/v) 2-propanol, 13% (11%) (v/v) polyethylene glycol 4,000, and 11 mM TCEP-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→74.46 Å / Num. obs: 139467 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.835 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 20355 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5B3A 解像度: 1.79→74.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1701 / WRfactor Rwork: 0.163 / FOM work R set: 0.951 / SU B: 1.127 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.0988 / SU Rfree: 0.0816 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.46 Å2 / Biso mean: 24.612 Å2 / Biso min: 6.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→74.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.794→1.841 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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