PDB-5b36: Crystal Structure of the O-Phosphoserine Sulfhydrylase from Aerop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b36

タイトル

Crystal Structure of the O-Phosphoserine Sulfhydrylase from Aeropyrum pernix Complexed with Cysteine

要素

Protein CysO

キーワード

TRANSFERASE / Cysteine Biosynthesis / sulfhydrylase / complex with L-cysteine

機能・相同性

機能・相同性情報

O-phosphoserine sulfhydrylase / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Nakamura, T. / Takeda, E. / Kawai, Y. / Kataoka, M. / Ishikawa, K.

引用

ジャーナル: Extremophiles / 年: 2016
タイトル: Role of F225 in O-phosphoserine sulfhydrylase from Aeropyrum pernix K1
著者: Takeda, E. / Kunimoto, K. / Kawai, Y. / Kataoka, M. / Ishikawa, K. / Nakamura, T.

履歴

登録	2016年2月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.3	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b36.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b36.ent.gz	130.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/5b36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/5b36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b3aC 3vsaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6l0s-4 6l0q-2 6l0r-2 6l0p-1 2yoo-2 6l0r-1 6l0q-4 3awq-d 3vsa-1 6l0q-1 5b3a-1 6l0q-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein CysO

B: Protein CysO

ヘテロ分子

84.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein CysO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein CysO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.181, 74.181, 278.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein CysO / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase / O-acetylserine sulfhydrylase / O-phosphoserine ...Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase / O-acetylserine sulfhydrylase / O-phosphoserine sulfhydrylase / Serine sulfhydrase 分子量: 42025.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 株: K1 / 遺伝子: cysO, APE_1586 / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: Q9YBL2, cystathionine beta-synthase, cysteine synthase, O-phosphoserine sulfhydrylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 27% 2-propanol, 10% PEG4000, 12 mM TCEP-HCl, the crystal was soaked with the reservoir solution containing 6% MPD as a cryoprotectant, 20 mM L-cysteine, and 12 mM TCEP-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日
放射	モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.1 Å / Num. obs: 43621 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 13.5 % / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: CysO free form (PDB ID, 3VSA)

3vsa

解像度: 2.15→49.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 5.615 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24598	1991	5 %	RANDOM
R_work	0.18017	-	-	-
obs	0.18335	38060	92.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.235 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5834	0	52	268	6154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	6090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.091	1.986	8277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.938	5	779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.594	22.71	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.386	15	988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.286	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.223	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.168	1.5	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.077	2	6191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.409	3	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.338	4.5	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.152→2.208 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	118	-
R_work	0.249	2566	-
obs	-	-	85.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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