PDB-6ky8: Crystal structure of ASFV dUTPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ky8

タイトル

Crystal structure of ASFV dUTPase

要素

E165R

キーワード

HYDROLASE / dUTPase / ASFV / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

dUTPase-like / dUTP diphosphatase / dUTPase / dUTP diphosphatase activity / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / metal ion binding / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Li, C. / Chai, Y. / Song, H. / Qi, J. / Sun, Y. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of African Swine Fever Virus dUTPase Reveals a Potential Drug Target.
著者: Li, C. / Chai, Y. / Song, H. / Weng, C. / Qi, J. / Sun, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2019年9月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ky8.cif.gz	44.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ky8.ent.gz	29.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ky8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ky8_validation.pdf.gz	425.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ky8_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	6ky8_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	6ky8_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ky9C 1vyqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ljo-1 6lis-1 6lis-2 3f0y-3 4jx1-2 6iyl-1 4k4v-1 2ec0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: E165R

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E165R

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.855, 97.855, 97.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-228- HOH
2	1	A-242- HOH
3	1	A-243- HOH

#1: タンパク質	E165R / E165R CDS protein 分子量: 19114.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: E165R CDS, E165R, ASFV-Georgia_4-154 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A2X0SE53
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03923 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 7082 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 53.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 690 / CC_1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vyq

1vyq

解像度: 2.301→39.949 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	398	5.62 %
R_work	0.2216	-	-
obs	0.2236	7082	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.6 Å² / B_iso mean: 30.554 Å² / B_iso min: 11.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.301→39.949 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1157	0	0	44	1201
B_iso mean	-	-	-	30.36	-
残基数	-	-	-	-	148

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.3014-2.6343	0.2804	142	0.2682	2192
2.6343-3.3187	0.296	126	0.261	2206
3.3-39.9	0.223	130	0.1877	2286

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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