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万見
- PDB-6ljo: African swine fever virus dUTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ljo
タイトルAfrican swine fever virus dUTPase
要素E165R
キーワードVIRAL PROTEIN / ASFV / dUTPase / aDUT
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / virion component / host cell cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Liang, R. / Peng, G.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31722056 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural comparisons of host and African swine fever virus dUTPases reveal new clues for inhibitor development.
著者: Liang, R. / Wang, G. / Zhang, D. / Ye, G. / Li, M. / Shi, Y. / Shi, J. / Chen, H. / Peng, G.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E165R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2851
ポリマ－18,2851
非ポリマー00
水25214
1
A: E165R

A: E165R

A: E165R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8563
ポリマ－54,8563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area4690 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.014, 98.014, 98.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-209-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E165R / E165R CDS protein


分子量: 18285.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: E165R CDS, E165R, ASFV-Georgia_4-154, ASFV_Kyiv_2016_131_00207
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X0SE53, UniProt: Q65199*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.5M NaH2PO4/K2HPO4,PH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 7330 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.87 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.977 / Net I/av σ(I): 100.8 / Net I/σ(I): 1.74
反射 シェル解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 371 / CC1/2: 0.777 / CC star: 0.935 / Rpim(I) all: 0.682 / Rrim(I) all: 0.695 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 9.525 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 374 5.1 %RANDOM
Rwork0.2282 ---
obs0.2307 6926 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.46 Å2 / Biso mean: 33.171 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1139 0 0 14 1153
Biso mean---26.57 -
残基数----146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.6331578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.211.5712616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.98715207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.015155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02218
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.338 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 37 -
Rwork0.326 481 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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