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- PDB-6ky4: Crystal structure of Sulfiredoxin from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ky4
タイトルCrystal structure of Sulfiredoxin from Arabidopsis thaliana
要素Sulfiredoxin, chloroplastic/mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfiredoxin / cysteine / sulfinic acid / peroxiredoxin repair protein / arabidopsis thaliana / antioxidant
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfiredoxin / sulfiredoxin activity / chloroplast / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfiredoxin / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Sulfiredoxin, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, M. / Wang, J. / Li, X. / Li, M. / Sylvanno, M.J. / Zhang, M. / Wang, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of sulfiredoxin from Arabidopsis thaliana revealed a more robust antioxidant mechanism in plants.
著者: Liu, M. / Wang, J. / Li, X. / Sylvanno, M.J. / Li, M. / Zhang, M. / Wang, M.
履歴
登録2019年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfiredoxin, chloroplastic/mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3874
ポリマ－12,7701
非ポリマー6173
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.544, 102.544, 102.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Sulfiredoxin, chloroplastic/mitochondrial / AtSRX


分子量: 12769.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SRX, At1g31170, F28K20.12 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GY89, sulfiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.8 M NaH2PO4/1.2 M KH2PO4, acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 3377 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 37 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 124863
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.3137.22.2613300.8510.3722.2920.908100
3.31-3.4543.11.2483180.9460.1911.2631.094100
3.45-3.642.80.6683290.9830.1030.6771.055100
3.6-3.7941.40.3813230.990.060.3861.125100
3.79-4.0339.50.2593260.9960.0420.2621.258100
4.03-4.3438.50.1483290.9990.0240.151.055100
4.34-4.7833.80.13330.9990.0170.1010.976100
4.78-5.4736.20.093430.9990.0150.0911.029100
5.47-6.8935.20.0753510.9990.0130.0760.984100
6.89-5024.90.0733950.9980.0150.0741.02699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xw3

1xw3


解像度: 3.2→41.863 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2938 334 10.01 %
Rwork0.2443 --
obs0.2492 3335 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.52 Å2 / Biso mean: 66.2696 Å2 / Biso min: 38.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→41.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数730 0 37 4 771
Biso mean--70.73 49.16 -
残基数----89
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.2-4.03480.33141610.28941448
4.0348-41.860.27541730.22241553

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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