PDB-6kxi: Crystal Structure Of NDM-1 Metallo-beta-lactamase In Complex With...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kxi

タイトル

Crystal Structure Of NDM-1 Metallo-beta-lactamase In Complex With Inhibitor NO9

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Wachino, J.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Sulfamoyl Heteroarylcarboxylic Acids as Promising Metallo-beta-Lactamase Inhibitors for Controlling Bacterial Carbapenem Resistance.
著者: Wachino, J.I. / Jin, W. / Kimura, K. / Kurosaki, H. / Sato, A. / Arakawa, Y.

履歴

登録	2019年9月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kxi.cif.gz	125 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kxi.ent.gz	89.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kxi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kxi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6kxi_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	6kxi_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kxoC 6kzlC 6kznC 6lblC 4eybS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mgy-5 6q2y-d 3rmy-1 6c6i-d 4rm5-6 4zxp-d 3rbi-d 1ghe-d 3fai-2 6q30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.550, 73.660, 77.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Beta-lactamase NDM-1 / BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 ...Beta-lactamase NDM-1 / BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM-1 metallo-beta-lactamase / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1 分子量: 26045.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, APU18_05360, AZ95_0035, BANRA_05542, BET08_16280, BVL39_26630, C6985_28190, D3O91_26550, DWB25_28700, ECS01_0033, EJC75_01690, MS6198_A142, NDM1Dok01_N0175, pNDM102337_147, pNDM10505_149 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5KIY2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NO9 / 2,5-dimethyl-4-sulfamoyl-furan-3-carboxylic acid 分子量: 219.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris [pH 6.1], 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→42.624 Å / Num. obs: 83907 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.205 / Num. unique obs: 12092 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4eyb

4eyb

解像度: 1.38→42.624 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.671 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1573	4159	4.961 %
R_work	0.1362	-	-
all	0.137	-	-
obs	-	83827	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.041 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.093 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.105 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→42.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3466	0	54	628	4148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.569	1.645	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.489	1.579	7764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.17	5.246	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.251	23.176	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.002	15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	10.542	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.865	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.433	0.942	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.427	0.94	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.347	1.406	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.347	1.407	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.113	1.166	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.114	1.167	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.212	1.654	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.214	1.655	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.179	13.113	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.062	12.542	4239

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.38-1.416	0.188	301	0.152	5818	0.154	6119	0.954	0.964	100	0.139
1.416-1.455	0.176	317	0.142	5634	0.143	5951	0.962	0.968	100	0.131
1.455-1.497	0.142	260	0.135	5561	0.135	5823	0.971	0.973	99.9657	0.128
1.497-1.543	0.157	261	0.134	5381	0.135	5643	0.967	0.971	99.9823	0.129
1.543-1.593	0.165	252	0.137	5229	0.138	5481	0.966	0.972	100	0.133
1.593-1.649	0.177	261	0.137	5036	0.139	5297	0.961	0.971	100	0.135
1.649-1.711	0.156	236	0.13	4890	0.132	5126	0.971	0.974	100	0.13
1.711-1.781	0.139	223	0.129	4707	0.13	4930	0.975	0.976	100	0.133
1.781-1.86	0.175	218	0.133	4547	0.135	4765	0.963	0.973	100	0.139
1.86-1.951	0.178	189	0.13	4344	0.131	4533	0.963	0.975	100	0.141
1.951-2.056	0.145	202	0.131	4125	0.132	4327	0.973	0.976	100	0.144
2.056-2.18	0.139	218	0.131	3886	0.131	4104	0.976	0.977	100	0.146
2.18-2.33	0.157	211	0.13	3644	0.131	3855	0.971	0.975	100	0.148
2.33-2.516	0.156	246	0.133	3365	0.135	3611	0.971	0.977	100	0.155
2.516-2.756	0.151	170	0.131	3153	0.132	3323	0.976	0.977	100	0.155
2.756-3.079	0.154	164	0.139	2880	0.14	3044	0.969	0.973	100	0.164
3.079-3.553	0.144	146	0.138	2549	0.138	2695	0.975	0.977	100	0.167
3.553-4.344	0.155	108	0.134	2184	0.135	2292	0.973	0.979	100	0.165
4.344-6.111	0.144	85	0.149	1741	0.149	1826	0.975	0.977	100	0.191
6.111-42.624	0.194	91	0.181	995	0.182	1086	0.963	0.967	100	0.224

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