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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kxh | |||||||||
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タイトル | Alp1U_Y247F mutant in complex with Fluostatin C | |||||||||
要素 | Putative hydrolase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Hydrolyse epoxide / Cis-vicinal diol | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptomyces ambofaciens (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78039550258 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Yingli, Z. / De, B.C. / Zhang, C. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: Mutation of an atypical oxirane oxyanion hole improves regioselectivity of the alpha / beta-fold epoxide hydrolase Alp1U. 著者: Zhang, L. / De, B.C. / Zhang, W. / Mandi, A. / Fang, Z. / Yang, C. / Zhu, Y. / Kurtan, T. / Zhang, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kxh.cif.gz | 599.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kxh.ent.gz | 411.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kxh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kxh_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kxh_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6kxh_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kxh_validation.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 27 - 318 / Label seq-ID: 47 - 338
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37034.914 Da / 分子数: 4 / 変異: Y247F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces ambofaciens (strain ATCC 23877 / 3486 / DSM 40053 / JCM 4204 / NBRC 12836 / NRRL B-2516) (バクテリア) 遺伝子: SAMT0137, SAMT0138 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q1RQU8, UniProt: A0A0K2AJY3*PLUS, epoxide hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-DY9 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.33 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MMT PH5.0, 25% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→31.98 Å / Num. obs: 111803 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 26.4165605827 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.844 Å / Num. unique obs: 10937 / CC1/2: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78039550258→31.98 Å / SU ML: 0.176324970921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33648905052 / 位相誤差: 21.5299516835
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.0944132075 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78039550258→31.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -1.71138396348 Å / Origin y: -26.4759493579 Å / Origin z: 43.6857442894 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |