PDB-6kwb: AtDAO1(dioxygenase for auxin oxidation 1 from Arabidopsis thalian...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kwb

タイトル

AtDAO1(dioxygenase for auxin oxidation 1 from Arabidopsis thaliana) - 2-oxoglutarate binray complex

要素

2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / auxin / oxidation / 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent oxygenase / IAA / oxIAA / dsbh fold / plant hormone

機能・相同性

機能・相同性情報

indole-3-acetaldehyde oxidase activity / auxin catabolic process / : / dioxygenase activity / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5183927715 Å

データ登録者

Rhee, S. / Jin, S. / Lee, H.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the indole-3-acetic acid-catabolizing enzyme DAO1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Jin, S.H. / Lee, H. / Shin, Y. / Kim, J.H. / Rhee, S.

履歴

登録	2019年9月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kwb.cif.gz	196.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kwb.ent.gz	126.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kwb_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kwb_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6kwb_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	6kwb_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kwaSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kwa-1 5zjv-d 6kwa-2 2xnj-2 4ccx-d 6dxw-1 3ws4-3 3gr2-2 3si7-4 6yeo-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

B: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

C: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

ヘテロ分子

91.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.88, 76.799, 166.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ASN	ASN	chain 'A'	A	A	8 - 85	1 - 78
1	2	GLU	GLU	HIS	HIS	chain 'A'	A	A	89 - 162	82 - 155
1	3	LEU	LEU	ASN	ASN	chain 'A'	A	A	175 - 190	168 - 183
1	4	GLU	GLU	ASP	ASP	chain 'A'	A	A	195 - 198	188 - 191
1	5	SER	SER	HIS	HIS	chain 'A'	A	A	201 - 235	194 - 228
1	6	TYR	TYR	ASP	ASP	chain 'A'	A	A	246 - 268	239 - 261
2	1	MET	MET	ASN	ASN	chain 'B'	B	B	8 - 85	1 - 78
2	2	GLU	GLU	HIS	HIS	chain 'B'	B	B	89 - 162	82 - 155
2	3	LEU	LEU	ASN	ASN	chain 'B'	B	B	175 - 190	168 - 183
2	4	GLU	GLU	ASP	ASP	chain 'B'	B	B	195 - 198	188 - 191
2	5	SER	SER	HIS	HIS	chain 'B'	B	B	201 - 235	194 - 228
2	6	TYR	TYR	ASP	ASP	chain 'B'	B	B	246 - 268	239 - 261
3	1	MET	MET	ASN	ASN	chain 'C'	C	C	8 - 85	1 - 78
3	2	GLU	GLU	HIS	HIS	chain 'C'	C	C	89 - 162	82 - 155
3	3	LEU	LEU	ASN	ASN	chain 'C'	C	C	175 - 190	168 - 183
3	4	GLU	GLU	ASP	ASP	chain 'C'	C	C	195 - 198	188 - 191
3	5	SER	SER	HIS	HIS	chain 'C'	C	C	201 - 235	194 - 228
3	6	TYR	TYR	ASP	ASP	chain 'C'	C	C	246 - 268	239 - 261

#1: タンパク質	2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein / F7A19.21 protein / Putative dioxygenase 分子量: 30521.697 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 9-277 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g14130, At1g14130/F7A19_21, F7A19.21, F7A19_21 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XI75
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.03M KH2PO4, 16% PEG 8000, 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 34716 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 70.8723491824 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.48→2.57 Å / R_merge(I) obs: 3.77 / Num. unique obs: 3206 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KWA

6kwa

解像度: 2.5183927715→28.2078242366 Å / SU ML: 0.416181155805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3255267704 / 位相誤差: 33.2812877571

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281531009251	1993	6.03573591763 %
R_work	0.224639577674	31027	-
obs	0.22810200341	33020	98.16862885 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.0462275556 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5183927715→28.2078242366 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6043	0	12	12	6067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0100692258076	6178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.48853445538	8364
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0635050429927	925
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00822914768317	1093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8139807985	2300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5184-2.5813	0.350784541784	118	0.316524461263	1830	X-RAY DIFFRACTION	82.4375793483
2.5813-2.6511	0.340145253012	145	0.325867292842	2223	X-RAY DIFFRACTION	99.7472620051
2.6511-2.729	0.412942680634	144	0.320874120847	2226	X-RAY DIFFRACTION	99.915682968
2.729-2.817	0.444534764623	140	0.308675799285	2217	X-RAY DIFFRACTION	99.8305802626
2.817-2.9176	0.370120189207	143	0.308158423406	2226	X-RAY DIFFRACTION	99.8735244519
2.9176-3.0343	0.386676768331	143	0.304687720404	2221	X-RAY DIFFRACTION	99.8310810811
3.0343-3.1722	0.369702908062	140	0.289557788099	2245	X-RAY DIFFRACTION	99.9580888516
3.1722-3.3392	0.313121406471	145	0.272805102723	2237	X-RAY DIFFRACTION	99.958036089
3.3392-3.5481	0.316728343146	145	0.246576747654	2217	X-RAY DIFFRACTION	99.9153976311
3.5481-3.8214	0.293850913613	142	0.240022620735	2280	X-RAY DIFFRACTION	99.9587288485
3.8214-4.2048	0.309884255955	145	0.20921081857	2240	X-RAY DIFFRACTION	99.3336109954
4.2048-4.8107	0.245717508594	146	0.175539787706	2281	X-RAY DIFFRACTION	99.6714579055
4.8107-6.0511	0.27130871577	151	0.205316715412	2294	X-RAY DIFFRACTION	99.8366680278
6.0511-28.207	0.195659610326	146	0.185193235351	2290	X-RAY DIFFRACTION	94.2724458204

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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