PDB-6kwa: AtDAO1(dioxygenase for auxin oxidation 1 from Arabidopsis thaliana)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kwa

タイトル

AtDAO1(dioxygenase for auxin oxidation 1 from Arabidopsis thaliana)

要素

2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / auxin / oxidation / 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent oxygenase / IAA / oxIAA / dsbh fold / plant hormone

機能・相同性

機能・相同性情報

indole-3-acetaldehyde oxidase activity / auxin catabolic process / dioxygenase activity / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09429141431 Å

データ登録者

Rhee, S. / Jin, S. / Lee, H.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the indole-3-acetic acid-catabolizing enzyme DAO1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Jin, S.H. / Lee, H. / Shin, Y. / Kim, J.H. / Rhee, S.

履歴

登録	2019年9月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kwa.cif.gz	197.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kwa.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kwa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kwa_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kwa_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6kwa_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	6kwa_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kwa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kwbC 2brtS 5c3qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kwb-1 6kwb-2 6lvh-d 2rfi-2 6vwr-d 1q3h-3 5zjv-d 7cgd-4 1tp2-d 4o8m-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

B: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

C: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

ヘテロ分子

91.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.626, 75.547, 165.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	8 - 31	1 - 24
1	2	CYS	CYS	PHE	PHE	chain 'A'	A	A	35 - 163	28 - 156
1	3	GLN	GLN	VAL	VAL	chain 'A'	A	A	174 - 191	167 - 184
1	4	LEU	LEU	MET	MET	chain 'A'	A	A	194 - 197	187 - 190
1	5	LEU	LEU	ARG	ARG	chain 'A'	A	A	210 - 236	203 - 229
1	6	THR	THR	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	243 - 265	236 - 258
2	1	MET	MET	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	8 - 31	1 - 24
2	2	CYS	CYS	PHE	PHE	chain 'B'	B	B	35 - 163	28 - 156
2	3	GLN	GLN	VAL	VAL	chain 'B'	B	B	174 - 191	167 - 184
2	4	LEU	LEU	MET	MET	chain 'B'	B	B	194 - 197	187 - 190
2	5	LEU	LEU	ARG	ARG	chain 'B'	B	B	210 - 236	203 - 229
2	6	THR	THR	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	243 - 265	236 - 258
3	1	MET	MET	GLU	GLU	chain 'C'	C	C	8 - 31	1 - 24
3	2	CYS	CYS	PHE	PHE	chain 'C'	C	C	35 - 163	28 - 156
3	3	GLN	GLN	VAL	VAL	chain 'C'	C	C	174 - 191	167 - 184
3	4	LEU	LEU	MET	MET	chain 'C'	C	C	194 - 197	187 - 190
3	5	LEU	LEU	ARG	ARG	chain 'C'	C	C	210 - 236	203 - 229
3	6	THR	THR	GLU	GLU	chain 'C'	C	C	243 - 265	236 - 258

#1: タンパク質	2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein / F7A19.21 protein / Putative dioxygenase 分子量: 30521.697 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 9-277 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g14130, At1g14130/F7A19_21, F7A19.21, F7A19_21 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XI75
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30mM KH2PO4, 16% PEG 8000, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 56807 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 50.1445005062 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.08→2.16 Å / R_merge(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 3898 / CC_1/2: 0.472

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C3Q, 2BRT

5c3q

2brt

解像度: 2.09429141431→33.8805234655 Å / SU ML: 0.300742786836 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33437384029 / 位相誤差: 33.4052762107

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281503483539	2001	3.52425235126 %
R_work	0.242417305459	54777	-
obs	0.243821334415	56778	99.1547623206 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.6320309229 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09429141431→33.8805234655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6025	0	2	56	6083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00959495160013	6149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.37532403676	8323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0569395993051	923
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00741261822225	1084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2018745531	2295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0943-2.1467	0.351386055712	133	0.3380938068	3647	X-RAY DIFFRACTION	93.4025203855
2.1467-2.2047	0.399416390295	140	0.33838252432	3872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2047-2.2695	0.396740913406	143	0.327369316517	3874	X-RAY DIFFRACTION	99.9253731343
2.2695-2.3428	0.376883561774	148	0.319250720096	3915	X-RAY DIFFRACTION	99.9262174127
2.3428-2.4265	0.325982508444	141	0.317889246548	3890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4265-2.5236	0.342424010766	143	0.305095608945	3902	X-RAY DIFFRACTION	99.9258893281
2.5236-2.6384	0.379035773033	143	0.294595283543	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.9016715831
2.6384-2.7775	0.389757642875	146	0.292219316641	3903	X-RAY DIFFRACTION	99.9259624877
2.7775-2.9514	0.338070586339	139	0.289325899688	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.9265785609
2.9514-3.1791	0.352876094508	147	0.287219271288	3938	X-RAY DIFFRACTION	99.9021765713
3.1791-3.4988	0.317753455064	141	0.258737630178	3951	X-RAY DIFFRACTION	99.90234375
3.4988-4.0043	0.285161087317	144	0.231190446576	3987	X-RAY DIFFRACTION	99.9516090007
4.0043-5.0424	0.19481228036	149	0.188803530326	4013	X-RAY DIFFRACTION	99.7125059895
5.0424-33.88	0.240902545987	144	0.208118071295	4020	X-RAY DIFFRACTION	95.9668126296

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関連情報:EMDBヘッダ

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