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- PDB-6kva: Structure of anti-hCXCR2 abN48-2 in complex with its CXCR2 epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kva
タイトルStructure of anti-hCXCR2 abN48-2 in complex with its CXCR2 epitope
要素
  • Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2
  • heavy chain
  • light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody-Antigen Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / neutrophil activation / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis ...interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / neutrophil activation / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / cellular defense response / neutrophil chemotaxis / secretory granule membrane / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / receptor internalization / mitotic spindle / chemotaxis / microtubule cytoskeleton / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 2 / CXC chemokine receptor 1/2 / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiang, J.C. / Yan, L. / Yang, B. / Wilson, I.A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31600619 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Selection of a picomolar antibody that targets CXCR2-mediated neutrophil activation and alleviates EAE symptoms.
著者: Shi, X. / Wan, Y. / Wang, N. / Xiang, J. / Wang, T. / Yang, X. / Wang, J. / Dong, X. / Dong, L. / Yan, L. / Li, Y. / Liu, L. / Hou, S. / Zhong, Z. / Wilson, I.A. / Yang, B. / Yang, G. / Lerner, R.A.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: heavy chain
L: light chain
h: heavy chain
l: light chain
B: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2
b: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4088
ポリマ－98,2836
非ポリマー1242
水7,710428
1
H: heavy chain
L: light chain
B: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2665
ポリマ－49,1423
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
2
h: heavy chain
l: light chain
b: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1423
ポリマ－49,1423
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.685, 96.337, 70.783
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 heavy chain


分子量: 24120.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 light chain


分子量: 23646.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2 / CXCR2 peptide


分子量: 1375.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25025
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 / PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 42603 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 2473 / CC1/2: 0.83 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XCN

4xcn


解像度: 2.2→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.219
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 2159 5.1 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1959 40411 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.96 Å2 / Biso mean: 32 Å2 / Biso min: 16.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å21.97 Å2
2---2.25 Å2-0 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6586 0 8 428 7022
Biso mean--37.61 35.99 -
残基数----876
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0146770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.6559230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4091.63913916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.125868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.55422.464276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.02151032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7491528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021268
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.253 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 119 -
Rwork0.25 2779 -
obs--91.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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