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万見
- PDB-6kum: Ferredoxin I from C. reinhardtii, low X-ray dose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kum
タイトルFerredoxin I from C. reinhardtii, low X-ray dose
要素Ferredoxin, chloroplastic
キーワードELECTRON TRANSPORT / [2Fe2S] cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster binding / chloroplast / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin, chloroplast transit peptide / Ferredoxin chloroplastic transit peptide / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / THIOCYANATE ION / Ferredoxin, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Onishi, Y. / Kurisu, G. / Tanaka, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2020
タイトル: X-ray dose-dependent structural changes of the [2Fe-2S] ferredoxin from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Ohnishi, Y. / Muraki, N. / Kiyota, D. / Okumura, H. / Baba, S. / Kawano, Y. / Kumasaka, T. / Tanaka, H. / Kurisu, G.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin, chloroplastic
B: Ferredoxin, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,83411
ポリマ－19,9702
非ポリマー8649
水3,531196
1
A: Ferredoxin, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4014
ポリマ－9,9851
非ポリマー4163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area4700 Å2
手法PISA
2
B: Ferredoxin, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4337
ポリマ－9,9851
非ポリマー4486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area4770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.878, 32.326, 49.915
Angle α, β, γ (deg.)72.380, 78.060, 72.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ferredoxin, chloroplastic


分子量: 9984.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PETF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07839

-
非ポリマー , 6種, 205分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 5.6
詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Citrate, Benzamidine Hydrochloride, Sodium Thiocyanate
PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→28.74 Å / Num. obs: 54418 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 8.45 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.423.80.302510813280.9170.1770.353.893
7.67-28.743.60.1136111700.9660.0680.13211.796.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→28.74 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 18.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 2688 4.94 %
Rwork0.1713 --
obs0.1722 54418 94.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 44.16 Å2 / Biso mean: 13.8497 Å2 / Biso min: 3.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1351 0 41 205 1597
Biso mean--14.59 24.36 -
残基数----189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4352102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.151906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.42550.18071450.2016265592
1.4255-1.45290.23051410.2134265793
1.4529-1.48250.23451430.195260292
1.4825-1.51480.21641380.1971276194
1.5148-1.550.23961590.1887259993
1.55-1.58880.23361770.1879266793
1.5888-1.63170.22731350.1925274894
1.6317-1.67970.2221320.1856269794
1.6797-1.73390.18471060.1714275294
1.7339-1.79590.21511350.172272295
1.7959-1.86780.2161490.1746271595
1.8678-1.95280.17251110.162274795
1.9528-2.05570.19741320.1688279195
2.0557-2.18450.19321420.1753274396
2.1845-2.35310.20691430.1674278197
2.3531-2.58970.1871360.1687277497
2.5897-2.96410.18361600.1636275797
2.9641-3.73320.14571350.1564281097
3.7332-28.740.15841690.1586275297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9232.17622.65823.48042.12424.92640.1213-0.241-0.17310.03050.07340.07240.0874-0.2306-0.20490.0562-0.01430.01620.05910.0030.0661-4.107-14.722-9.835
22.11781.1518-1.15961.9603-0.12961.3677-0.19940.19040.0496-0.37720.13690.2930.1072-0.0886-0.0280.1465-0.0221-0.04520.06590.00050.1248-5.306-17.606-14.029
33.0910.41230.82322.66921.58014.321-0.01780.088-0.2162-0.16430.0713-0.2610.34830.3044-0.04440.11310.00540.01160.05450.00130.08334.944-14.72-14.924
42.64030.7519-1.78480.8418-0.68634.16980.11280.02070.2084-0.15560.0683-0.0117-0.11650.2399-0.16190.1167-0.0110.01010.0621-0.00920.05872.515-5.585-20.451
50.81290.2820.07113.8133-0.54242.1483-0.0069-0.0040.2032-0.0501-0.0126-0.0286-0.22330.11380.02320.0777-0.0132-0.00930.0584-0.00220.07821.2310.831-13.765
64.15031.14620.29862.85380.54772.8968-0.08490.00710.0751-0.03460.03370.0370.09610.0018-0.00730.0477-0.0047-0.00030.0435-0.00990.0485-2.238-9.183-9.023
75.16750.11570.86692.55740.16712.9786-0.01350.27040.2402-0.15020.07430.1906-0.2314-0.1463-0.06510.12560.01550.00340.06150.02120.057-6.383-4.2-22.402
83.35920.72470.74632.04940.9024.80910.1047-0.3334-0.25910.40950.0997-0.39370.2130.3178-0.18920.16760.0115-0.05840.12070.00170.128610.2-22.776-36.053
90.99590.02940.09590.04980.2222.7166-0.1415-0.2081-0.06930.61660.02150.47320.2814-0.12910.00470.26210.01580.02690.08630.01470.07741.076-19.806-34.166
103.0743-1.1679-1.8731.48141.27952.35150.0877-0.00270.13470.0977-0.0532-0.011-0.1714-0.0448-0.04550.14120.0032-0.010.04930.00480.05433.869-9.257-35
111.07310.08510.67717.73131.33522.8118-0.0540.13180.1561-0.0696-0.04640.2182-0.2867-0.02030.1030.0997-0.0122-0.01090.08010.0110.06965.092-6.712-45.022
121.6749-0.1014-0.29221.7937-0.02631.44660.0031-0.07210.16470.20130.0022-0.1054-0.2260.216-0.01120.1201-0.0263-0.01280.07510.00010.06548.453-11.82-38.429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:7 )A0 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 8:16 )A8 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 17:33 )A17 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 34:51 )A34 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 52:76 )A52 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 77:86 )A77 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 87:93 )A87 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 0:16 )B0 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 17:33 )B17 - 33
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 34:51 )B34 - 51
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 52:70 )B52 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 71:94 )B71 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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