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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ku6 | ||||||
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タイトル | OSM1 mutant - R326A | ||||||
要素 | Fumarate reductase 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Fumarase reductase mutant R326A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fumarate reductase (NADH) / fumarate reductase (NADH) activity / FAD metabolic process / protein folding in endoplasmic reticulum / FMN binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å | ||||||
データ登録者 | Park, H.H. / Kim, C.M. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2019 タイトル: Crystal Structure of the Active Site Mutant Form of Soluble Fumarate Reductase, Osm1 著者: Kim, C.M. / Kwon, S. / Jung, K.H. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ku6.cif.gz | 203.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ku6.ent.gz | 166.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ku6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ku6_validation.pdf.gz | 970.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ku6_full_validation.pdf.gz | 985.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ku6_validation.xml.gz | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ku6_validation.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51509.559 Da / 分子数: 2 / 変異: R326A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OSM1, YJR051W, J1659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21375, fumarate reductase (NADH) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, BIS TRIS pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.007→38.145 Å / Num. obs: 56568 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 15.0625 |
反射 シェル | 解像度: 2.007→2.03 Å / Num. unique obs: 639 / Rsym value: 0.491 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.007→38.145 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.83 Å2 / Biso mean: 24.3615 Å2 / Biso min: 9.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.007→38.145 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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