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- PDB-6ksh: Crystal structure of pyruvate kinase (PYK) from Plasmodium falcip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ksh
タイトルCrystal structure of pyruvate kinase (PYK) from Plasmodium falciparum in complex with oxalate and ATP
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / pyruvate kinase / glycolysis / tetramer / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / Neutrophil degranulation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / protein homotetramerization / phosphorylation ...Glycolysis / Neutrophil degranulation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / protein homotetramerization / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / OXALATE ION / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhong, W. / Cai, Q. / Li, K. / Lescar, J. / Dedon, P.C.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Singapore)S916137 シンガポール
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Pyruvate kinase from Plasmodium falciparum: Structural and kinetic insights into the allosteric mechanism.
著者: Zhong, W. / Li, K. / Cai, Q. / Guo, J. / Yuan, M. / Wong, Y.H. / Walkinshaw, M.D. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Michels, P.A.M. / Dedon, P.C. / Lescar, J.
履歴
登録2019年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,66424
ポリマ－223,9324
非ポリマー2,73220
水17,114950
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15310 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area70080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.410, 139.410, 453.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 55983.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0626800 / プラスミド: pYUB28b-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6KTA4, pyruvate kinase

-
非ポリマー , 5種, 970分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 950 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 12% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM triethanolamine-HCl (TEA) buffer pH 7.2, 100 mM KCl, 50 mM MgCl2, 5 mM oxalate, 5 mM ATP, 5 mM G6P

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→120.733 Å / Num. all: 81169 / Num. obs: 81169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 58.38 Å2 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.194 / Rsym value: 0.19 / Net I/av σ(I): 3.8 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 1695738
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.7421.61.3190.6251897116400.2881.351.3193.1100
2.74-2.9121.50.8630.9237650110280.1890.8830.8634.5100
2.91-3.1121.50.5181.4222385103570.1140.5310.5187100
3.11-3.3621.30.332.320639996870.0730.3380.3310.4100
3.36-3.6821.10.1943.818949789800.0430.1990.19416.4100
3.68-4.1120.80.1285.716973581500.0290.1310.12823.1100
4.11-4.7520.50.1016.814852072510.0230.1040.10130.1100
4.75-5.8119.30.1026.512000262240.0240.1050.10228.3100
5.81-8.2218.90.0778.39321649200.0180.0790.07727.8100
8.22-59.83819.20.05111.85643729320.0120.0520.05142.299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KHD

3khd


解像度: 2.6→37.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.473 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.239
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 4015 4.96 %RANDOM
Rwork0.151 ---
obs0.154 81001 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 149.93 Å2 / Biso mean: 55.14 Å2 / Biso min: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3365 Å20 Å20 Å2
2---2.3365 Å20 Å2
3---4.673 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14932 0 160 950 16042
Biso mean--50.96 54.09 -
残基数----1960
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5593SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2610HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15323HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd8SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2178SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18520SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d15323HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg20721HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.87
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 90 5.55 %
Rwork0.2024 1531 -
all0.2063 1621 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-3.91390.9583-6.09748.42221.72910-0.0183-0.28740.57890.32970.04240.4233-0.438-0.3024-0.024-0.12570.13880.0112-0.133-0.1551-0.048419.6265-15.9233-20.2339
22.77640.0993-0.18090.73020.00340.9782-0.0383-0.54780.18560.2577-0.07950.052-0.0201-0.10930.1179-0.0789-0.0562-0.00580.1093-0.1784-0.152939.8024-29.92320.9287
31.9033-0.07340.40262.6946-1.04153.4398-0.01340.0072-0.0218-0.0629-0.07-0.5280.10660.74390.0834-0.16050.0189-0.03060.0752-0.0891-0.075663.3315-33.6471-12.6072
41.66810.26560.15791.02640.10031.37890.0049-0.2332-0.10340.0556-0.047-0.03750.2088-0.09560.0421-0.0351-0.05010.005-0.011-0.0902-0.126436.0971-37.8486-13.2323
55.17650.25651.80442.25990.35262.35880.1286-1.05110.42890.0515-0.2070.2284-0.2448-0.32390.0784-0.161-0.12470.08720.1237-0.2058-0.155115.1189-38.1961-2.7695
67.4509-7.11323.08832.28815.082.76290.14050.55590.0372-0.7578-0.1378-0.35920.42930.3412-0.00270.07760.04720.09610.0754-0.1039-0.043443.8829-43.219-32.7036
71.93230.6092-0.25230.82090.29651.6738-0.12520.25850.3958-0.40530.0679-0.3434-0.44350.31720.05730.0587-0.1510.0057-0.1529-0.0263-0.113249.2411-12.4438-41.0443
81.30110.17210.9811.79670.3413.9127-0.1155-0.22670.6225-0.02020.11770.1156-0.8079-0.0628-0.00220.0652-0.038-0.0169-0.2856-0.20770.105242.62852.3876-18.963
90.8158-0.00380.36311.44930.05812.0873-0.12290.01940.3085-0.2060.04660.1242-0.3796-0.1880.07630.0206-0.0279-0.0468-0.137-0.0642-0.073533.899-17.1113-36.425
104.28680.8508-1.32694.90680.37023.4253-0.19030.33-0.185-0.71480.1996-0.2247-0.23990.1964-0.00930.1097-0.11570.0124-0.1048-0.0634-0.224335.7027-29.5219-56.3634
11-3.61392.03024.90143.80880.70373.0615-0.14-0.0643-0.37450.4095-0.12270.00930.35370.11620.2627-0.09680.0134-0.019-0.0547-0.0668-0.12895.8227-68.6165-36.1755
12-0.57240.2913-0.26572.1-0.02462.1658-0.0179-0.10630.08360.06-0.09750.6006-0.0224-0.60760.1154-0.1744-0.00030.01150.0842-0.1797-0.0623-24.6363-60.7537-28.5552
134.9017-1.0836-1.12661.6130.22595.68360.18570.69330.2764-0.5008-0.19030.6302-0.6045-1.04050.0047-0.2750.1577-0.18720.0174-0.1208-0.0236-35.2594-49.4231-51.1508
141.1664-0.2056-0.16541.05060.20391.9888-0.0141-0.02470.285-0.104-0.09390.2136-0.447-0.27420.108-0.07030.0464-0.0364-0.031-0.1535-0.0487-14.3118-48.7197-33.5834
153.126-0.5606-0.32482.3686-0.75632.2962-0.0002-0.27730.0150.1489-0.08230.0671-0.1119-0.32490.0825-0.0895-0.0407-0.02380.0423-0.1962-0.1317-4.2399-54.1606-12.8306
162.3551-0.92572.53212.7099-1.35520.00070.18820.21580.3677-0.2953-0.2504-0.0285-0.1702-0.15560.06220.19230.0621-0.1076-0.139-0.07870.0431-9.4184-35.6986-50.1723
171.12430.9563-0.26671.9302-0.10811.179-0.14130.2380.1813-0.31540.06340.1178-0.3366-0.11260.07790.0582-0.0859-0.0848-0.0673-0.0206-0.1465-3.8663-60.4799-70.1675
182.37220.2243-0.32651.7466-0.01812.5066-0.0643-0.1527-0.1626-0.1133-0.05880.13810.151-0.15410.12310.0139-0.0667-0.0041-0.0106-0.1129-0.06-10.0306-83.1562-56.0626
190.69080.31410.01131.160.08831.0416-0.122-0.02790.0521-0.1433-0.008-0.0685-0.19340.06140.130.0012-0.0587-0.0179-0.0287-0.0541-0.10084.5035-59.7228-55.8027
202.08190.94570.60954.72011.40444.0847-0.29710.18870.2868-0.59860.14060.0333-0.5636-0.2210.15650.0783-0.1164-0.0334-0.17160.0314-0.139613.6125-40.9528-66.7219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|31 }A21 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|32 - A|113 }A32 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|114 - A|213 }A114 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|214 - A|395 }A214 - 395
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|396 - A|511 }A396 - 511
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|21 - B|31 }B21 - 31
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|32 - B|113 }B32 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|114 - B|213 }B114 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|214 - B|395 }B214 - 395
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|396 - B|511 }B396 - 511
11X-RAY DIFFRACTION11{ C|21 - C|31 }C21 - 31
12X-RAY DIFFRACTION12{ C|32 - C|113 }C32 - 113
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|114 - C|213 }C114 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|214 - C|395 }C214 - 395
15X-RAY DIFFRACTION15{ C|396 - C|511 }C396 - 511
16X-RAY DIFFRACTION16{ D|21 - D|31 }D21 - 31
17X-RAY DIFFRACTION17{ D|32 - D|113 }D32 - 113
18X-RAY DIFFRACTION18{ D|114 - D|213 }D114 - 213
19X-RAY DIFFRACTION19{ D|214 - D|395 }D214 - 395
20X-RAY DIFFRACTION20{ D|396 - D|511 }D396 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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