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- PDB-6kr6: Crystal structure of Drosophila Piwi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kr6
タイトルCrystal structure of Drosophila Piwi
要素
  • Protein piwi
  • piRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNASEH / PROTEIN-RNA COMPLEX / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Yb body / piRNA-mediated heterochromatin formation / male germ-line stem cell asymmetric division / primary piRNA processing / germarium-derived oocyte fate determination / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / retrotransposon silencing by heterochromatin formation / pole cell formation / piRNA binding / female germ-line stem cell asymmetric division ...Yb body / piRNA-mediated heterochromatin formation / male germ-line stem cell asymmetric division / primary piRNA processing / germarium-derived oocyte fate determination / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / retrotransposon silencing by heterochromatin formation / pole cell formation / piRNA binding / female germ-line stem cell asymmetric division / post-transcriptional gene silencing / piRNA processing / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / germ-line stem cell population maintenance / chromocenter / retrotransposon silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / germ cell nucleus / oogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / heterochromatin / heterochromatin formation / RNA endonuclease activity / euchromatin / chromatin DNA binding / spermatogenesis / chromatin / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / Protein piwi
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yamaguchi, S. / Oe, A. / Yamashita, K. / Hirano, S. / Mastumoto, N. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Drosophila Piwi.
著者: Yamaguchi, S. / Oe, A. / Nishida, K.M. / Yamashita, K. / Kajiya, A. / Hirano, S. / Matsumoto, N. / Dohmae, N. / Ishitani, R. / Saito, K. / Siomi, H. / Nishimasu, H. / Siomi, M.C. / Nureki, O.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein piwi
B: piRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,83616
ポリマ－95,1092
非ポリマー1,72714
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area33410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.090, 115.640, 119.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Protein piwi


分子量: 93710.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VKM1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 piRNA


分子量: 1398.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 % PEG 6000, 0.1 M MES pH6.0, and 0.01 M zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→39.93 Å / Num. obs: 36974 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 74.447 % / Biso Wilson estimate: 96.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.548 / Rrim(I) all: 0.551 / Χ2: 1.147 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-3.0875.51221.10.52452390599159910.67621.241100
3.08-3.2973.5055.9591.14411258559555950.8736100
3.29-3.5569.4932.232.26361505520252020.9472.247100
3.55-3.8875.0550.8885.34362066482448240.980.894100
3.88-4.3478.3040.48211.25338116431843180.9910.486100
4.34-577.2350.35318.53295964383238320.9940.355100
5-6.173.3270.30221.46238313325032500.9950.304100
6.1-8.5270.8110.23729.12178231251725170.9970.239100
8.52-39.9379.4090.19444.58114746145914450.9980.19699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5guh

5guh


解像度: 2.9→39.9 Å / SU ML: 0.4807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1373
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2585 1761 4.77 %RANDOM
Rwork0.2394 ---
obs0.2404 36895 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 110.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5396 87 14 0 5497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56577677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.65853335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.980.34821340.38572678X-RAY DIFFRACTION97.37
2.98-3.070.35851370.34812694X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.170.32661340.32482671X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.280.31481500.30762732X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.410.3021950.27592732X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.560.35781300.26262708X-RAY DIFFRACTION99.89
3.56-3.750.29211360.25332711X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.990.32541110.24482726X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.290.23361160.21982714X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.730.25341690.20182699X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.410.23881630.21682665X-RAY DIFFRACTION100
5.41-6.810.26991550.23852696X-RAY DIFFRACTION100
6.81-39.90.19571310.21942708X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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