[日本語] English
万見
- PDB-6kq1: Crystal structure of cytochrome c551 from Pseudomonas sp. strain MT-1. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kq1
タイトルCrystal structure of cytochrome c551 from Pseudomonas sp. strain MT-1.
要素Cytochrome C biogenesis protein CcsA
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c551 / growth pressure / protein stability / Pseudomonas sp. strain MT-1.
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome C8
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Fujii, S. / Oki, H. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Masanari-Fujii, M. / Wakai, S. / Sambongi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25-1446 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)26240045 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into high stability of cytochrome c551 from a deep-sea piezo-tolerant bacterium, Pseudomonas sp. strain MT-1
著者: Fujii, S. / Oki, H. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Masanari-Fujii, M. / Wakai, S. / Sambongi, Y.
履歴
登録2019年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C biogenesis protein CcsA
B: Cytochrome C biogenesis protein CcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7809
ポリマ－17,2162
非ポリマー1,5647
水3,801211
1
A: Cytochrome C biogenesis protein CcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3574
ポリマ－8,6081
非ポリマー7493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area4600 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome C biogenesis protein CcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4235
ポリマ－8,6081
非ポリマー8154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area4770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.787, 52.017, 62.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome C biogenesis protein CcsA


分子量: 8607.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: CMK99_21520, CML01_09540, DD989_05085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2E2GL08
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 100 mM MES/ Sodium hydroxide pH 6.0, 200 mM Zinc acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→39.95 Å / Num. obs: 23763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 309252 / Scaling rejects: 49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.57-1.611.31.1881315511680.9182.199.9
8.6-39.957.80.0414281830.99937.399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549-000精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 351C

351c


解像度: 1.57→19.9783 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 2337 9.99 %
Rwork0.2007 --
obs0.2031 23393 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.99 Å2 / Biso mean: 24.8393 Å2 / Biso min: 10.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→19.9783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1204 0 91 211 1506
Biso mean--15.3 35.04 -
残基数----164
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.57-1.6020.26871260.2916122199
1.602-1.63690.29751450.2751221100
1.6369-1.67490.29811250.2601124599
1.6749-1.71680.27571360.2497119398
1.7168-1.76320.25181300.2413121298
1.7632-1.8150.2311380.2347121698
1.815-1.87360.31331280.2244123899
1.8736-1.94050.26021330.2137123199
1.9405-2.01810.25911510.2114121099
2.0181-2.10980.23481390.2091121698
2.1098-2.22090.24451390.196123298
2.2209-2.35990.25031300.2082122598
2.3599-2.54180.20461380.201125299
2.5418-2.79690.21261430.1905123898
2.7969-3.20020.20931280.2026127799
3.2002-4.02650.20161650.18221266100
4.0265-19.97830.17961430.166136399

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る