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万見
- PDB-6kpl: Crystal Structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase from Cordy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kpl
タイトルCrystal Structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase from Cordyceps militaris in apo form
要素Chitinase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase EndoS TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cordyceps militaris CM01 (サナギタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seki, H. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Takegawa, K. / Fushinobu, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the specific cleavage of core-fucosylatedN-glycans by endo-beta-N-acetylglucosaminidase from the fungusCordyceps militaris.
著者: Seki, H. / Huang, Y. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Kinoshita, T. / Iwamoto, S. / Higuchi, Y. / Takegawa, K. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Characterization of novel endo-beta-N-acetylglucosaminidases from Sphingobacterium species, Beauveria bassiana and Cordyceps militaris that specifically hydrolyze fucose-containing ...タイトル: Characterization of novel endo-beta-N-acetylglucosaminidases from Sphingobacterium species, Beauveria bassiana and Cordyceps militaris that specifically hydrolyze fucose-containing oligosaccharides and human IgG.
著者: Huang, Y. / Higuchi, Y. / Kinoshita, T. / Mitani, A. / Eshima, Y. / Takegawa, K.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8735
ポリマ－33,4041
非ポリマー4694
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area12490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.513, 105.513, 63.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Chitinase


分子量: 33404.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cordyceps militaris CM01 (サナギタケ)
株: CM01 / 遺伝子: CCM_08020 / プラスミド: pET-32b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: G3JPF7
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 0.1 M CHES-NaOH (pH 8.6) and 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 40703 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2026 / CC1/2: 0.863 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→40.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.803 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.085
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1843 2131 5.2 %RANDOM
Rwork0.1552 ---
obs0.1567 38543 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.11 Å2 / Biso mean: 22.863 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→40.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2274 0 31 279 2584
Biso mean--44.74 34.28 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.643204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5331.5784951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6315295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76923.514111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84415374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.229159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02495
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.794 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 132 -
Rwork0.202 2821 -
obs--97.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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