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- PDB-6kok: Crystal Structure of SNX11/SNX10-PXe Chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kok
タイトルCrystal Structure of SNX11/SNX10-PXe Chimera
要素Sorting nexin-11,Uncharacterized protein SNX10
キーワードPROTEIN TRANSPORT / sorting nexin / phox-homology domain
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endosome membrane / apical cytoplasm / tooth eruption / gastric acid secretion / 1-phosphatidylinositol binding / phosphatidylinositol phosphate binding / bone mineralization involved in bone maturation / vesicle organization / ruffle assembly / endosome organization ...extrinsic component of endosome membrane / apical cytoplasm / tooth eruption / gastric acid secretion / 1-phosphatidylinositol binding / phosphatidylinositol phosphate binding / bone mineralization involved in bone maturation / vesicle organization / ruffle assembly / endosome organization / protein localization to cilium / cellular homeostasis / protein localization to centrosome / cilium assembly / bone resorption / calcium ion homeostasis / osteoclast differentiation / secretory granule / cellular response to leukemia inhibitory factor / intracellular protein transport / endocytosis / ATPase binding / endosome / centrosome / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-10/11 / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein SNX10 / Sorting nexin-11 / Sorting nexin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xu, T. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31570759 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for PI(3,5)P2Recognition by SNX11, a Protein Involved in Lysosomal Degradation and Endosome Homeostasis Regulation.
著者: Xu, T. / Gan, Q. / Wu, B. / Yin, M. / Xu, J. / Shu, X. / Liu, J.
履歴
登録2019年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-11,Uncharacterized protein SNX10
B: Sorting nexin-11,Uncharacterized protein SNX10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,97216
ポリマ－37,4882
非ポリマー48414
水3,729207
1
A: Sorting nexin-11,Uncharacterized protein SNX10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0289
ポリマ－18,7441
非ポリマー2848
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
2
B: Sorting nexin-11,Uncharacterized protein SNX10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9447
ポリマ－18,7441
非ポリマー2006
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.103, 47.910, 87.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-11,Uncharacterized protein SNX10


分子量: 18744.201 Da / 分子数: 2 / 断片: SNX11/SNX10-PXe Chimera / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX11, SNX10 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q9Y5W9, UniProt: Q75MY3, UniProt: Q9Y5X0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % / Mosaicity: 0.77 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.2 M NaCl, 0.1 M NaAc pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.91 Å / Num. obs: 21816 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.053.60.125570015850.9710.0750.1477.697.6
8.95-47.913.70.05910272800.9870.0360.06915.799

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IKB

4ikb


解像度: 2→43.53 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2497 1963 4.75 %RANDOM
Rwork0.2043 39328 --
obs0.2065 21780 94.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.43 Å2 / Biso mean: 10.0853 Å2 / Biso min: 0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2427 0 14 207 2648
Biso mean--14.49 14.44 -
残基数----295
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.050.27821270.2181276795
2.05-2.110.26991530.2111293397
2.11-2.170.32941340.2092291497
2.17-2.240.23831270.212287495
2.24-2.320.30811490.2202280295
2.32-2.410.29831360.2043282996
2.41-2.520.28951500.2175288095
2.52-2.650.23011410.2123273193
2.65-2.820.23851490.224250384
2.82-3.040.26211090.2103280294
3.04-3.340.24081770.2082287097
3.34-3.830.22621510.1752281296
3.83-4.820.20211450.1725277793
4.82-43.530.20591150.2059283494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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