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万見
- PDB-6ivu: Solution structure of the Sigma-anti-sigma factor complex RsgI1N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ivu
タイトルSolution structure of the Sigma-anti-sigma factor complex RsgI1N-SigI1C from Clostridium thermocellum
要素
  • Anti-sigma-I factor RsgI1
  • RNA polymerase sigma factor SigI1
キーワードTRANSCRIPTION / sigma factor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / carbohydrate metabolic process / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-I type / : / Anti-sigma factor RsgI-like central domain / Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. ...RNA polymerase sigma-I type / : / Anti-sigma factor RsgI-like central domain / Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / RNA polymerase sigma factor, region 2
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigI1 / Anti-sigma-I factor RsgI1
類似検索 - 構成要素
生物種Hungateiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wei, Z. / Feng, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670735 中国
National Natural Science Foundation of China31661143023 中国
National Natural Science Foundation of China31570029 中国
National Natural Science Foundation of China31470210 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Alternative sigma I/anti-sigma I factors represent a unique form of bacterial sigma /anti-sigma complex.
著者: Wei, Z. / Chen, C. / Liu, Y.J. / Dong, S. / Li, J. / Qi, K. / Liu, S. / Ding, X. / Ortiz de Ora, L. / Munoz-Gutierrez, I. / Li, Y. / Yao, H. / Lamed, R. / Bayer, E.A. / Cui, Q. / Feng, Y.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma-I factor RsgI1
B: RNA polymerase sigma factor SigI1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3972
ポリマ－20,3972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1990 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9780 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Anti-sigma-I factor RsgI1


分子量: 6170.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hungateiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0059 / 細胞株 (発現宿主): Rosseta (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DBH1
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigI1


分子量: 14226.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: sigI1, Cthe_0058 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3DBH0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HBHA(CO)NH
1101isotropic13D HBHANH
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D (H)CCH-COSY
1131isotropic13D CCH-TOCSY
1141isotropic13D CCH-COSY
1151isotropic23D 1H-15N NOESY
1161isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1171isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] RsgI1N, 1 mM [U-13C; U-15N] SigI1C, 20 mM Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
Label: sample1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRsgI1N[U-13C; U-15N]1
1 mMSigI1C[U-13C; U-15N]1
20 mMBis-Trisnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMEDTAnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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